斯坦福大学于1891年由时任加州参议员及州长的铁路大亨利兰·斯坦福和他的妻子简·莱思罗普·斯坦福创办。这是为了纪念他们因伤寒而于16岁生日前夕去世的儿子（小利兰·斯坦福）。斯坦福大学为男女及宗教自由的学校，在1930年代前所有学费全免。可是，1893年利兰·斯坦福的逝世及1906年对校园造成重大损毁的旧金山大地震，为该校带来严重的财政困难后才开始收费。二次世界大战后，时任学校教务长的弗雷德里克·特曼全力支持校友与教职员的企业精神，希望能建立一个自给自足的本地工业，这也是现今硅谷的源流。
源流
1891年10月1日，大学正式办学。当时校方共招揽了555名学生。就在开学日当天，校长佐敦向首批学生致辞：“斯坦福没有任何传统，亦不受任何传统的阻碍。里面所有的路标都直指前方。”
成立
斯坦福大学是由时任加州州长及参议员的铁路富豪利兰·斯坦福，及他的妻子简·莱思罗普·斯坦福于1891年成立的。大学以他们于十六岁生日前夕（1884年）因伤寒去世的儿子小利兰·斯坦福为名，以表纪念。利兰·斯坦福曾告诉他的妻子：“以后所有加利福尼亚的小孩都是我们的孩子。”
其后，斯坦福夫妇拜访了当时哈佛大学的校长查尔斯·艾略特，询问有关在加州建立一所大学的所需资金的事宜，而他们得到的答案是五百万美元（1884年的市值）。
最终，斯坦福夫妇正式于1885年11月给予大学的成立基金
校园建设
他们最后选定了他们的田庄——位于圣塔克拉拉县的帕罗奥图牧场，作为建立大学的根据地。
学校原始的“内方”建筑物（1887-91年）是由建筑师弗雷德里克·劳·奥姆斯特德、弗朗西斯·沃克亚玛撒及利兰本人所设计。校园建设的基石可追索至1887年5月14日，这天本应为小利兰·斯坦福的19岁生日。早在校园设计刚出炉的1886年夏季，利兰就请了时任麻省理工学院校长的弗朗西斯·沃克亚玛撒及著名波士顿景观设计师弗雷德里克·劳·奥姆斯特德前来参谋。奥姆斯特德负责校园整体的建筑概念，他拒绝使用山地而建议多加利用实用平地。其后在秋季，波士顿的谢普利，鲁坦与柯立芝公司获聘用承办校园建筑工程。柯立芝采用了以半圆形拱门通道连接方形石制建筑为特点的亨利·霍布森理查森式风格，并应斯坦福夫妇的要求，加入了加州使命复兴式建筑。可是到了1889年，利兰切断了奥姆斯特德与柯立芝的合作，而余下的建筑工作则交给了第三者继续完成。这些由红砖及固态砂岩砌成的屋宇具有强烈的加州特色。
大地震后尚未完工的斯坦福图书馆已变成废墟
20世纪
二十世纪初，斯坦福因地震损毁而面临经济危机。不过，大学复修工程其后迅速进行，学校亦开始恢复元气。到了1931年，斯坦福与哈佛进行了全美第一个跨校电台辩论比赛。[45]大学各个学术部门亦于1945年二次世界大战过后，迅速发展起来。
1906年旧金山大地震对斯坦福大学造成严重损毁。大学包括纪念教堂在内的大部分主要的内方建筑物，及大学主入口大闸均受到破坏。受破坏的主要是于1893-1905年利兰·斯坦福到简·斯坦福逝世期间所起的第二期建筑物。校方后重建并保留了部分“内方”大楼、大学艺术馆、旧化学大楼（自1986年起成为废弃建筑物，并在1989年洛马普列塔大地震再次受到破坏）及恩西纳会堂（后为本科生宿舍）。
