国王学院 （1754年-1784年）
有关在英属纽约省建立一所高等学府的讨论开始于1704年，刘易斯·莫里斯上校向英国圣公会差会写信，试图说服协会相信纽约是容纳这所高等学府的理想区域。然而，直到位于哈德逊河对岸的新泽西的普林斯顿大学建立以后，在纽约成立新学院的计划才开始正式提上日程。1746年，纽约省议会通过一项为新学院筹集资金的法令。1751年，省议会任命了一个包括七名英格兰教会成员在内的十人委员会，以监督指导通过发行州彩票筹集到的学院建设资金的使用。
学校于1754年7月正式开课，首任校长为神学博士萨缪尔·约翰逊。约翰逊博士也是学院第一届仅有八名学生的唯一导师。授课在现在位于曼哈顿下百老汇大道的三一教堂旁的新校舍进行。随后，这所纽约州最早成立的高等教育机构，美国境内的第五所大学，正式根据乔治二世国王的《王室特许状》以国王学院之名于1754年10月31日成立。
1763年，约翰逊博士的校长一职由毕业于牛津大学女王学院的迈尔斯·库珀）接替，他同时也是一位狂热的托利党人。在美国革命的紧张政治气氛中，他在学校的主要课堂讨论对象是一位名叫亚历山大·汉密尔顿的1777届本科生。对于国王学院来说，1776年爆发的美国独立战争是一个灾难性的事件。学校的教学活动从1776年大陆军进入纽约开始停止了八年，其中一段时间纽约被英军军事占领，直到英军1783年正式从纽约撤离才得以恢复。学校的图书馆被洗劫，唯一的建筑先被大陆军，然后被英军征用为军医院。学校被革命者占领以后，学校的王室支持者被迫离开了国王学院。他们在查尔斯·英格利斯牧师的带领下来到了新斯科舍的温莎，在那里他们建立了现在被称作国王学院大学的学校。
哥伦比亚大学图书馆，约1900年
哥伦比亚学院（1784年-1896年）
美国革命之后，学院向纽约州为其重建寻求支持，为此作出了根据纽约州任何可能的要求对学院的章程进行修改的保证。州议会批准了支持学院的建议。1784年5月1日，“给予在此之前被称为国王学院的学院部分特殊权利的法案”在州议会得到通过。法案设立了一个校董事会以监督国王学院的重建。并且为了表示对美国新生共和政体的支持，州议会在法案中规定“位于纽约市的，在此之前被称为国王学院的学院从今以后将永远被称为哥伦比亚学院”——哥伦比亚一词正是美国的女性化代称。之后的1787年，学校董事们终于意识到了学校章程中存在的缺陷，他们于1787年2月成立了一个由约翰·杰伊和亚历山大·汉密尔顿领导的章程修正委员会。同年四月，学校正式采用了赋予二十四位校董事权力的新章程，并且一直沿用至今。
1787年5月21日，萨缪尔·约翰逊之子威廉·萨缪尔·约翰逊被一致推选为哥伦比亚学院的校长。在供职于学院之前，约翰逊曾经参加过第一次大陆会议并且被选为美利坚合众国制宪会议代表。十八世纪九十年代的一段时间里，因为纽约国家首都和纽约州府的双重身份，以及连续几届联邦党政府的执政，复兴的哥伦比亚学院在诸如汉密尔顿和杰伊等联邦党人的资助下茁壮成长。1789年5月6日，乔治·华盛顿总统与约翰·亚当斯副总统参加了哥伦比亚学院的毕业典礼，以表彰那些参与了美国革命的校友们。
学院的招生，结构以及学术水平在十九世纪的大部分时间里维持不变，多届校长对学院的运作基本没有做出调整。1857年，学院从公园区搬迁至以哥特复兴式建筑为主的，位于49街以及麦迪逊大道的校区。这也是学校在接下来五十年里的校园。十九世纪后半叶，在校长弗雷德里克·奥古斯都·波特·巴纳德的领导下，学院迅速地展现出了现代大学的雏形。此时，归功于城市快速膨胀的人口，对纽约房地产的投资成为了学校收入的主要来源。时至今日，更有观点将哥伦比亚大学与纽约大学和天主教会并列视为纽约市的前三大土地拥有者。
哥伦比亚大学（1896年至今）
1896年，学校董事们正式决定使用“哥伦比亚大学”作为这所学校的新名字。自此以后直到今天，她的官方名称为“纽约市哥伦比亚大学”。同时，校长塞斯·洛（seth low）再一次搬迁了校园，这一次校园从49街转至现在的地址——一个更加宽阔的，位于快速发展的晨边高地[31]的校区。在洛的继任者尼古拉斯·默里·巴特勒长达四十多年的工作下，哥伦比亚大学快速成为了美国重要的研究机构，为后来的大学设立了“综合性大学”的典范。
哥伦比亚大学教师约翰·瑞·邓宁（john ray unning），伊西多·艾萨克·拉比，恩里科·费米以及波利卡普·库施开展的有关原子的研究，因为第一座核反应堆的建成以及之后曼哈顿计划的启动，在二十世纪四十年代时将哥伦比亚大学物理系放在了世界的聚光灯下。1947年，为了满足美国二战退伍军人的需求，大学的一所附属院校被重组为一个本科生学院，命名为哥伦比亚大学通识教育学院。
二十世纪六十年代，哥伦比亚大学经历了大规模的学生运动，这场运动在1968年数百名学生占领了学校的多幢建筑后达到了顶点。这次事件迫使校长格雷森·柯克（grayson kirk）辞职，同时也催生了校理事会。
虽然学校的多个学院早已从多年前开始招收女生，哥伦比亚学院直到1983年秋季才第一次招收女性。在与巴纳德学院关于合并两校的，长达十年的谈判失败后，一个只招收女性的巴纳德学院成为了哥伦比亚大学的附属学院。现今巴纳德学院仍然附属于哥伦比亚大学，巴纳德的毕业生会被授予由哥伦比亚大学和巴纳德学院共同颁发的学位。
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