耶鲁大学的起源可以追溯到1701年10月9日在康涅狄格州纽黑文开会时由康涅狄格州殖民地总法院通过的《建立大学学院的自由法案》。该法案是为了建立一个培训部长和在康涅狄格州领导层的机构而做出的努力。此后不久，一组十个公理部长塞缪尔·安德鲁·托马斯·白金汉，以色列的Chauncy，塞缪尔·马瑟（侄子增加奥美），牧师詹姆斯·诺伊斯II（的儿子詹姆斯·诺伊斯），詹姆斯·皮尔庞特，亚伯拉罕·皮尔逊，挪亚罗素，约瑟夫韦伯和蒂莫西·伍德布里奇，所有校友的哈佛，在牧师的研究达到塞缪尔·罗素在布兰福德，康涅狄格，汇集他们的书，形成了学校的图书馆。由詹姆斯·皮尔蓬（James Pierpont）领导的小组现在被称为“创始人”。
最初被称为“大学学校”，在其第一家开通该机构校长，亚伯拉罕·皮尔逊，今天被认为耶鲁大学的第一任校长。皮尔森住在基林沃思（现为克林顿）。学校搬到塞布鲁克（Saybrook），然后搬到韦瑟斯菲尔德（Wethersfiel）。1716年，它搬到了康涅狄格州的纽黑文。
同时，哈佛大学第六任校长伊斯特·马瑟（Increase Mather）与其余的哈佛牧师之间形成了裂痕，马瑟认为马修被视为越来越自由，教会松懈，教会政体过于宽泛。这场争执使马瑟斯捍卫了大学学院的成功，希望它能够以哈佛没有的方式保持清教徒的宗教正统观念。
