芝加哥大学于1890年被美国浸信会教育协会合并为一所男女平等的大学，使用捐赠给ABES的40万美元与浸礼石油大亨和慈善家约翰·洛克菲勒（John D. Rockefeller）捐赠的60万美元相匹配包括土地由马歇尔菲尔德捐赠。虽然洛克菲勒基金会的捐款为学术活动和长期捐赠提供了资金，但规定这些资金不能用于建筑物。海德公园（Hye Park）校园的资金来自富有的芝加哥人，如Silas B. Cobb的捐款，后者为校园的第一栋楼提供了资金，柯布演讲厅，并与马歇尔·菲尔德（Marshall Fiel）的100,000美元承诺相匹配。其他早期的捐助者包括商人Charles L. Hutchinson（Hutchinson Commons的受托人，司库和捐赠人），Martin A. Ryerson（Ryerson物理实验室的受托人董事会主席和捐赠人）Aolphus Clay Bartlett和Leon Manel，他们为建筑提供了资金。馆和大会堂的大厅，以及Walker博物馆的George C. Walker，他是Cobb的亲戚，他鼓励就职捐赠设施。
海德公园校区继承了原同名大学的遗产，该校于1880年代关闭后关闭。什么出名作为老芝加哥大学已成立由一小群的浸信会通过参议员土地禀赋于1856年教育史蒂芬·A·道格拉斯。一场大火过后，它于1886年关闭。芝加哥旧大学的校友被认为是当前芝加哥大学的校友。该大学的徽章上描绘了从灰烬中升起的凤凰，这是对芝加哥旧大学校园的火灾，丧失抵押品赎回权和拆除的参考。为了向1890年前的遗产致敬，将第34位置的原始道格拉斯音乐厅的瓦砾中的一块石头带到了目前的海德公园所在地，并镶嵌在经典建筑的墙壁上。这些联系导致芝加哥学院和大学的院长以及历史学教授约翰·博耶（John Boyer）得出结论，芝加哥大学具有“作为内战前机构的合理谱系”。
威廉·雷尼·哈珀（William Rainey Harper）于1891年7月1日成为该大学的校长，海德公园校园于1892年10月1日开放上课。哈珀（Harper）致力于建立该系，并在两年内拥有120名系，其中包括八所大学或大学校长。哈珀（Harper）是一位学识渊博的学者（符号学家），也是浸信会神职人员的成员，他们认为一所伟大的大学应将信仰研究作为中心重点。为了履行这一承诺，他将芝加哥旧大学的神学院带到了海德公园。它于1891年成为神学院，是芝加哥大学的第一所专业学校。
哈珀从斯普林菲尔德的青年基督教协会训练的肖尔招募了著名的耶鲁大学棒球和足球运动员阿莫斯·阿隆佐·斯塔格来指导学校的足球课程。斯塔格被授予教职，这是美国第一个这样的运动职位。在大学任教期间，斯塔格发明了带编号的橄榄球球衣，杂物和轻盈的运动场。Stagg是大学Stagg领域的同名人物。
该商学院成立于1898年，和法学院成立于1902年哈珀在1906年去世，并通过三个总统任期，其一直持续到1929年连续更换在此在此期间，成立了东方研究所，以支持和解释当时称为近东的考古工作。
在1890年代，该大学担心其庞大的资源会吸引一些地区学院和大学的附属优秀学生，从而伤害较小的学校：德梅因学院，卡拉马祖学院，巴特勒大学和斯泰森大学。1896年，隶属于Shimer College的大学在伊利诺伊州的卡罗尔山。根据隶属关系的规定，学校必须拥有与大学相若的学习课程，及早通知大学任何可能的教职任命或解雇，未经大学批准不得任教，并发送副本建议考试。芝加哥大学同意授予从附属学校毕业的所有四年级都达到A级学位的学位，以及授予在芝加哥大学继续学习十二周的任何其他毕业生的学位。附属学校的学生或教职员工有权在芝加哥大学获得免费学费，芝加哥学生有资格以相同的条件进入附属学校并获得学分。芝加哥大学还同意以成本价向附属学校提供书籍，科学仪器和用品；专职讲师和讲师，除差旅费外无其他费用；以及出版的每本书籍和期刊的副本芝加哥大学出版社免费。该协议规定，任何一方都可以在适当通知的情况下终止隶属关系。芝加哥大学的几位教授不喜欢该计划，因为该计划涉及到无偿的额外劳动，他们认为这降低了该大学的学术声誉。该程序在1910年成为历史。
1920年代至1980年代
1929年，该大学第五任校长，现年30岁的法律哲学学者罗伯特·梅纳德·哈钦斯（Robert Maynar Hutchins）上任。在他的24年任期内，大学经历了变化。哈钦斯（Hutchins）改革了本科学院的通识教育课程 Common Core []，将大学的研究生工作划分为四个部门，，并从大学淘汰了大学橄榄球，以强调学者而不是田径运动员。在他任职期间，芝加哥大学医院（现称为芝加哥大学医学中心）完成了建设并招收了第一批医学生。此外，以哲学为导向创建了大学特色的社会思想委员会。
芝加哥大学的一些团队致力于生产世界上第一个由人为因素引起的自我维持核反应，包括前排的恩里科·费米（Enrico Fermi）和第二排的列奥·西拉德（LeóSzilár）。
1920年代筹集的资金和洛克菲勒基金会的资金支持帮助学校渡过了大萧条。尽管如此，在1933年，哈钦斯提出了一项不成功的计划，将芝加哥大学和西北大学合并为一所大学。在第二次世界大战期间，大学的冶金实验室为曼哈顿计划做出了开创性的贡献。所述的大学是第一隔离的部位钚和建立所述第一人造的，自我维持的由核反应费米在1942年。
有人指出，大学对布鲁诺·贝特海姆及其任职期间从1944年至1973年担任正畸儿童矫正学校负责人的职位没有提供标准的监督。
1950年代初，由于海德公园（Hye Park）社区犯罪和贫困加剧，学生的申请减少了。作为回应，该大学成为有争议的海德公园城市更新项目的主要赞助商，该项目对社区的建筑和街道规划都产生了深远的影响。在此期间，该大学与Shimer College和其他10个大学一样，采用了早期入学计划，允许非常年轻的学生上大学；此外，在Shimer入学的学生在入读第二年后，只要参加了相当或相同的考试和课程，就可以自动转到芝加哥大学。
从1962年开始，大学在1960年代经历了学生动荡的局面。当时，当时的新人伯尼·桑德斯（Bernie Saners）领导了大学行政大楼的15天静坐活动，以抗议大学的校外租赁政策。在持续动荡之后，大学委员会于1967年发布了被称为《卡尔文报告》的书。该报告长达两页，陈述了大学在“社会和政治行动”中的政策，并宣称：“为了履行其在社会中的使命，大学必须维持特殊的探究自由环境，并保持不受政治风俗的影响，激情和压力。” 自那以后，该报告就被用于证明各项决定的合理性，例如该大学在1980年代拒绝从南非撤资以及在2000年代后期拒绝从达尔富尔撤资。
1969年，超过400名学生对行政教授马琳（Marlene Dixon）的解雇感到不满，他们在行政大楼呆了两个星期。静坐式结束后，当狄克逊拒绝了一年的连任时，42名学生被开除，81名学生被停学，在学生运动期间，这是美国大学对学生职业的最严重反应。
1978年，时任耶鲁大学教务长兼代理校长的汉娜·霍尔本·格雷（Hanna Holborn Gray）成为芝加哥大学的校长，她担任该职位已有15年。
1990年代至2010年代 [编辑 ]
从中途的is夫看。
在1999年，当时的总统乌戈Sonnenschein的宣布放宽大学著名的核心课程，减少了从21必修课程数15当纽约时报，经济学人等各大新闻媒体拿起这个故事，大学成为全国教育辩论的焦点。这些更改最终得以实施，但争议在Sonnenschein于2000年辞职的决定中发挥了作用。
从2000年代中期开始，该大学开始了数百万美元的扩建项目。2008年，芝加哥大学宣布了建立米尔顿·弗里德曼学院的计划，该学院吸引了教职员工和 学生的 支持和争议 。 该研究所将耗资约2亿美元，占用芝加哥神学院的建筑物。同年，投资者戴维·布斯（Davi G. Booth）向该大学的布斯商学院捐赠了3亿美元，这是该大学历史上最大的礼物，也是有史以来商学院最大的礼物。2009年，正在规划或建造几座新建筑物，其中一半耗资1亿美元或以上。自2011年以来，重大建设项目包括朱尔斯和格温·纳普生物医学发现中心，一座十层高的医学研究中心，以及芝加哥大学医学中心医学园区的进一步扩建。2014年，大学启动了一项公开募捐活动，筹集资金45亿美元。 2015年9月，大学从皮尔逊家庭基金会获得1亿美元，用于在哈里斯公共政策研究学院建立皮尔逊研究和解决全球冲突研究所以及皮尔森全球论坛。
2014年5月1日，美国芝加哥大学被评为55的高等教育机构之一的，由民权办公室“在过去的性暴力和性骚扰的投诉的处理可能违反联邦法律的”调查白宫工作保护学生免受性侵的力量。
在2019年，该大学创建了三十年来的第一所学校，即普利兹克分子工程学院。
