日本的高等教育机构根据设立主体的不同，可以分为国立、公立、私立三种。国公立大学中，国立大学总数为86所、公立大学91所，基本上都是一流大学。国公立大学与私立大学不能设置硕士学位点和博士学位点不同，国公立大学都设有硕士和博士学位点。国公立大学由日本政府设立，学费较私立更低廉（50%），同时国公立大学有数量少、招生严格等特点，考取难度较私立大学难度更大、世界学术排名和知名度更高。
2016年世界大学学术排名中，日本前10位高校均为国立和公立大学。2012年泰晤士高等教育世界大学排名中，TOP200中有将近10所日本大学入选。日本国公立大学都设有大学院（研究生院），开设硕士、博士课程。就读日本国立大学大学院的学生持有留学签证，申请奖学金、享受医疗保险、就业、交通费折扣等方面较私立大学拥有更多的报销政策和优惠补贴。
专业设置方面，日本国公立大学的也比较齐全。其中，既有东京大学、京都大学、大阪大学、东北大学、名古屋大学、北海道大学和九州大学等知名度高的综合性大学，也有东京工业大学、京都工艺纤维大学等侧重某些专业的大学，更有大阪教育大学、政策研究大学院大学、奈良先端科学技术大学院大学等综合排名不高，但在某些具体领域代表了教育最高水平的学校。
国立大学机构设置
大学里的“大学院”是实施研究生教育的机构，有硕士（学制2年）、博士（学制3年）学位授予权。有些学校硕士课程和博士课程分别设立，有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2年，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
“学部”是实施本科教育的机构，有学士学位授予权。本科一般4年，医科6年（含牙医、兽医，毕业后可直接报考4年制博士研究生课程）。
在学部和大学院里，除攻读学位的正规学生外，还有“旁听生”、“履修生”和“进修生”。这三类学生都不能获得毕业证书或学位证书，只有“履修生”修读的学分被承认。学部不招收“研究生”。
国立大学办学优势
国立大学的教育水平与世界排名更高。
费用更低廉、学费每年53万日元（约4万人民币）左右；部分学校还有有学费减免，可以再次减半。奖学金种类更多，申请成功几率更大。
可以合法打工。
毕业后就业前景好。
部分大学提供英文授课项目。
