殖民
哈佛公司的公章。在哈佛大学的文凭中，它带有大学的原始座右铭，Christo et Ecclesiae（“为基督和教会”），后来改为Veritas（“真理”）。
哈佛大学于1636年由马萨诸塞湾殖民地大法院和普通法院投票成立。1638年，它收购了英国北美第一家知名印刷机1639年，它被命名为哈佛学院，在已故的牧师约翰哈佛（John Harvar），剑桥大学的校友，离开学校779 英镑和他的学者图书馆约400册。 创建哈佛公司的章程于1650年获得批准。
一份1643年的出版物给学校的目的是“推进学习并将其延续到子孙后代，当我们的现任牧师躺在尘土中时，他们害怕将文盲的事工留给教会”; 早年培养了清教徒牧师。它提供了一个关于英国大学模式的经典课程 - 殖民地的领导人都曾就读于剑桥大学，但符合清教主义的原则。它从未与任何特定的教派联系在一起，但它的最早的毕业生继续成为公理会和一神教会的神职人员。
从1685年到1701年，领先的波士顿神圣增长马瑟担任总统。1708年，约翰·莱弗雷特成为第一位不是牧师的总统，标志着学院从清教主义转向智力独立。
19世纪
在整个18世纪，启蒙思想中的理性和自由意志的力量在公理会众中广泛传播，使这些传道人和他们的会众与更加传统主义的加尔文主义政党紧张。： 1-4 当霍利斯神学教授大卫·塔潘于1803年去世，哈佛大学约瑟夫·威拉德总统在一年后去世时，1804年，他们的替补人员爆发了斗争。 Henry Ware于1805年当选为主席，而自由派Samuel Webber则当选为主席两年后被任命为哈佛大学校长，这标志着潮流从哈佛大学传统观念的主导地位转变为自由主义的阿米尼亚思想（由传统主义者定义为一神论思想）的主导地位。
1846年，路易斯·阿加西斯的自然历史讲座在纽约和哈佛大学校园都受到好评。阿加西的方法显然是理想主义者，并假定美国人“参与神圣的自然”以及理解“知识存在”的可能性。阿加西对科学的看法将观察与直觉结合起来，并假设一个人可以掌握所有现象中的“神圣计划”。在解释生命形式时，阿加西根据假定的原型采取了形状问题作为证据。这种双重知识观与源自苏格兰哲学家托马斯·里德和杜加尔德·斯图尔特的共同感觉现实主义的教义相一致。，他的作品是当时哈佛课程的一部分。Agassiz“与柏拉图翱翔”的努力的流行可能也源于哈佛学生所揭示的其他着作，包括拉尔夫·库德沃思，约翰·诺里斯以及浪漫主义的塞缪尔·泰勒·科勒里奇的柏拉图式论文。哈佛大学的图书馆记录显示，柏拉图及其早期现代和浪漫粉丝的着作在19世纪几乎与更为经验和更加自然的苏格兰学派的“官方哲学”一样经常阅读。
查尔斯·艾略特（Charles W. Eliot），总统1869-1909，从课程中消除了基督教的优势地位，同时向学生自我指导开放。虽然艾略特是美国高等教育世俗化中最关键的人物，但他的动机并非出于对教育进行世俗化的渴望，而是出于超验主义 一神论者的信念。这些信念源于威廉·埃勒里·钱宁和拉尔夫·沃尔多·爱默生，他们的注意力集中在人性的尊严和价值，每个人理解真理的权利和能力，以及每个人的内住神。
20世纪
Richar Rummell的1906年水彩风景画，面向东北。
在20世纪，哈佛的国际声誉随着蓬勃发展的捐赠而增长，知名教授扩大了大学的范围。随着新的研究生院开始和本科学院的扩大，入学人数继续快速增长。拉德克利夫学院成立于1879年，是哈佛大学的姐妹学校，成为美国最着名的女性学校之一。哈佛于1900年成为美国大学协会的创始成员。
在20世纪初期，学生群体主要是“老年人，高地位的新教徒，特别是圣公会教徒，公理会主义者和长老会” - 后来被称为“WASP”（白人盎格鲁 - 撒克逊新教徒）。1923年，总统A.劳伦斯洛威尔提出犹太人被限制在15％的本科生的提议遭到拒绝，但洛厄尔确实禁止黑人住在哈佛大学; 洛厄尔认为，“迫使”黑人和白人共同生活“会增加一种偏见 ……最不幸的是，可能正在增长。” 但到了20世纪70年代，哈佛更加多元化。
James Bryant Conant（总统，1933-1953）重振了创造性奖学金，以保证其在研究机构中的卓越地位。他认为高等教育是有才能的机会工具，而不是富人的权利，因此科南特设计了识别，招募和支持有才能的青年的计划。1943年，他要求教师就中学和大学水平的普通教育做出明确的陈述。由此产生的报告于1945年出版，是20世纪美国教育史上最具影响力的宣言之一。
1945年至1960年期间，开放了招生政策，以吸引来自更多样化的申请人群体的学生。这个本科学院现在已经开始向公立学校的中产阶级学生开放，而不是主要来自新英格兰预科学校的富有校友。更多的犹太人和天主教徒被录取，但很少有黑人，西班牙裔或亚洲人。
哈佛大学的研究生院在19世纪末开始招收少数女性，在第二次世界大战期间，拉德克利夫学院的学生（自1879年以来一直向哈佛大学的教授们重复为女学生讲课）开始和男人一起参加哈佛大学的课程，1945年，第一类女性入读哈佛医学院。自20世纪70年代以来，哈佛大学一直负责女性入学，指导和本科生活的各个方面，并且拉德克利夫于1999年正式并入哈佛医学院。
21世纪
曾担任拉德克利夫高级研究院院长的德鲁·吉尔平·福斯特于2007年7月1日成为哈佛大学校长。2018年2月，劳伦斯·塞尔登·巴科于7月1日被任命为第29任总统， 2018.
