建校初期的洪堡大学有4个经典学院：法学院，医学院，哲学院，神学院。此后在著名学者的教学研究推动下，该校又发展了新的学科与专业，并很快发展成为一所享誉全球的一流学府。洪堡大学共设有11个专业学院及各种中心研究所，它的医学系是欧洲最大的。学科包含了人文、社会、文化、人类医学、农业、医学和自然科学等领域的所有基础学科，还设有全德国惟一开设的学科-社会性科学。专业齐全，现有224个专业，其中19个专业设有理科硕士专业，59个专业设有文科硕士专业。此外包括了12个语种的翻译专业，其中4个是东欧语言。
专业设置
-法学院
洪堡大学德意志和国际建筑法学系、环境法研究中心、大陆法学系、宪法学院
-农业以及园艺学院
植物种植学、园林艺术学、家畜学
-第一自然科学院
生物学、化学、物理学
-第二自然科学学院
地理学、信息学、数学、心理学、夏洛特医学院
-第一哲学院
哲学、历史、欧洲民族学、生物信息学
-第二哲学院
德意志文学、德意志语言学、语言学、英美文学、斯洛伐克文学、古语言学
-第三哲学院
社会学、文化和艺术亚非文学
-第四哲学院
运动学、康复科学技术学院
-经济学院
金融学、管理和运营市场学、市场运营、统计学、经济史、经济信息学
