一、定义对比
日本有国立大学86校，公立大学92校，私立大学600校左右。国立大学的资金来自于国民所缴纳的税金。公立大学的资金是自治体（都道府县etc.）的市民所缴纳的税金。
如果把公立大学和国立大学作对比，由于公立大学对当地学生有政策优待、学费优惠，毕业后在本地就职也非常顺理成章，因此公立大学中的生源地较为单一，国立大学则聚集着全国各地的学生。对于日本家庭来说，优先选择国公立而非私立的原因之一即是学费的巨大差异。
二、学费对比
私立大学的数据为文部科学省所公布的平均额。国立大学新生入学交过入学金后，之后的每年只需要支付「授業料」，即学费。
国立大学：入学金28万日元+学费53万日元，约为48,000人民币。
公立大学：入学金39万日元+学费53万日元，约为55,000人民币。
私立大学： 【文科】入学金24万日元+学费74万日元，约为68,000人民币 【理科】入学金26万日元+学费100万日元，约为90,000人民币。
三、教学质量对比
日本的公立大学和私立大学的校园氛围有很大差别，其中的主要原因之一是学生人数。例如，2017年早稻田大学的学部生约有44000人，庆应大学有近28000人。而东京大学只有约14000人左右，与早庆相差2-3倍学生人数。
2017年早稻田大学有546个官方认证的社团，从兴趣类、学术类到各种同好会、NPO，大概有1000个网球社。而东京大学2017年的届出学生团体和体育部有约200+个。庞大的人数是优势也是劣势。
通常大三、大四时文科学生就要进入教授的研究室，理科学生进入教授的研究室，与中国大学的导师制相仿，毕业论文也由相应教授指导。一个教授带3个学生和一个教授带10个学生的体验自然不同。某些私立大学还会出现一个教授同时负责50-100个学生的情况，但国立大学的教授所对应的学生比私立大学少得多。
