公元710年，日本定都平城京（现奈良市及近郊），标志着日本皇室开始从古坟时代进入了奈良时代，同时也迎来了律令国家的兴盛时期。与后世相比，奈良时代与此前的古坟时代基本上是男女天皇分掌天下：从公元592年至公元781年近200年间在位的18位天皇中，女性占了八代六位。
8世纪末，日本将都城移至平安京（现在的京都）。开始了在日本历史上具有转折意义的平安时代。在平安朝初年，皇室乃至公卿贵族和文人墨客都大力推崇菊花之美。中国每年的九月初九重阳节在日本又称菊节。在这一天，天皇率诸公卿臣僚到紫宸殿拜谒天皇，君臣共赏金菊、共饮菊酒。10月，天皇再设残菊宴，邀群臣为菊花践行。也许日本皇族族徽上的菊花便是此时镌刻上去的。遥想当年，平安朝留给人们的记忆似乎就是菊黄蟹肥。
10世纪至11世纪时，皇室的外戚藤原氏垄断政权已经长达200多年，皇权开始旁落。为了争夺实权，后白河天皇、后鸟羽天皇等几位天皇几乎是成年后就禅位退隐寺院，开设院政，这一时期被史学家们称为“院政时代”。随着武士阶层的兴起，高高在上的日本天皇失去了呼风唤雨的能力，日本进入了“幕府时期”，其间虽然有后醍醐天皇的“建武中兴”。但昙花一现，日本天皇彻底失去了政治实力，只是作为日本最大的神官在乱世中保存了下来 。
如果说在此前的平安、镰仓、室町和战国时代，日本天皇还多少拥有一些皇室的尊严。那么到了德川幕府时期，所剩无几的一点皇权也被褫夺殆尽。1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》共17条，详细限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《禁中并公家诸法度》明确规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事，凡官员任命、天皇的出巡等均须征得幕府的允准。惟一保留天皇权力的只有第八条“天皇有权按本朝先规决定年号”。
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