一．如果你的目标是念博士搞研究做学术或者毕业以后去欧美深造，那我认为这种情况下的选校较容易，直接参考上海交大的国际学术排名就好。但要注意要和专业排名结合起来一起看，而且走学术路线的话导师的因素也很大，所以需要综合考虑这些因素。
二．如果你想回国就职，那其实更容易。
早稻田大学 >>>> 东京大学 >> 其他……
关于其他大学的话，硬要排个前后的话，一般国内不懂日本大学的人一般都是直接参考国际排名。所以如果是这种情况的话请参考QS，USNEWS，TIMES等这类比较主流的国际排名。
三．如果你在意的是在日就职的情况，那可以参考一下我如下的几个排名。我先列出各大学对于考日本高考的日本人的难易度…虽然这是日本人的高考分数线对我们来说并没有什么直接的用处，但是由于通常情况下本国就职情况和本国大学录取难度是成正相关的，所以对大家有一定的参考价值…大家可以看一下国内的高考录取分数线和就职方面的关系
（由于东京医科齿科大学和各大学医科专业比较特殊，不包含在讨论中）
表1，日本高考难易度排名 ：
国立大学：
S级：（顶尖level）
【S1】：东京大学（东京）
A级：（国立四大）
【A1】：京都大学
【A2】：东京工业大学 （东京） 一桥大学（东京）
B级：（地方帝大1）
【B1】：大阪大学
【B2】：名古屋大学 东北大学
C级：（地方帝大2/早庆level）
【C1】：九州大学 北海道大学
【C2】：神户大学 筑波大学（东京圈）
私立大学：
（私立双雄）
【C3】庆应义塾大学 （东京）
【C4】早稻田大学 （东京）
（早庆上智）
【D】上智大学（东京）
在日本的经济中东京是一家独大的（类似腐国伦敦一家独大），所以地处东京对就职来说是一个大大的加分，这就好比为什么国内同等级的大学中北京上海的大学的分数线往往会高于其他地方的大学。 随着日本少子化高龄化，近年来东京单极化和其他地方的衰落正在愈演愈烈，以至于东京圈的大学人气上升而非东京圈的大学人气在下滑。
下面解释一下这个排名：
国立大学：
- 东京大学：对于国立大学的排名，相信大部分人都不会有很大的意见。但是这只是个综合排名，所以并不能百分之一百囊获所有的东西。就比如在我心中，京都大学的某些理科学术研究实力，庆应义塾大学的在商界的势力，早稻田大学在中国的名气等都是排名日本第一的。但是东京大学作为日本最高学府，在学术，就职，国际排名，国内排名，高考分数线等大部分的指标中排名日本第一，这点是毋庸置疑的。你可能会纠结考不上东大而去哪所日本大学，但基本没有听说过谁考上了东大而去别的日本大学的（个别情况除外，如由于家里经济条件的原因选择京大理而放弃东大理的京都人，由于学科问题选择某些大学的医学部而放弃东大理工的日本人等）。
- 京都大学：有人可能会选择一桥大学而放弃京都大学，原因就是金融商科这种对地理位置要求非常高的专业，东京的位置加成是很大的。但是总的来说京都大学在日本人的心中是和东大齐名的，所以大部分情况下都会优先选择京都大学。各大公司（包括外资投行咨询）通常都会在京都设立招聘点就是因为京都大学的存在；后面的target 6校中也只有京都大学一所不在东京。
- 东京工业大学，一桥大学：作为日本2所单科型大学（理和文），在各自的领域实力都非常的强悍，经常是东京大学考不上又希望在东京学习的同学的第二选择。一桥大学由于是一所文科性大学，所以世界排名（综合）非常非常靠后，基本你是找不到的。
- 大阪大学：东京大学和京都大学一般是公认的日本大学前二，大阪大学一直以日本大学“综合实力”第三自居，我认为其名副其实，但细看每一项指标，会发现大部分单项的指标里阪大都排不进第三。
- 名古屋大学，东北大学：传统意义上来说，东北大学的综合实力，排名和人气度都要强于名古屋大学，特别是东北大学的材料系更是独树一帜。但是由于以名古屋为中心的东海地区比以仙台为中心的东北地区经济要发达，所以名古屋大学在就职方面可能会比东北大学要有优势。 另外，受到2011年核辐射的影响，东北大学的人气已经被名古屋大学赶上而且有超过的趋势了。
- 九州大学，北海道大学：九州岛的福冈，虽然没有名古屋制造业发达但是也算一个工业中心，其发达的航空航天产业造就了九州大学航空航天专业在日本的强势地位。选择北海道大学的同学除了因为北海道美丽的雪景和丰富的海鲜料理以外也就是因为北海道大学是前帝国大学的原因吧。
- 神户大学，筑波大学：素有”关西的一桥“之称的神户大学作为以经济为强势学科的综合性大学一直非常有人气，如果不是日本战败，神户大学很有可能成为第十所帝大。筑波大学自诩“第八所帝大”也算是实至名归，其势头一点不输给帝大里实力相对最弱的北海道大学。由于地处首都圈，到东京比较方便，筑波大学在就职方面要比地方帝大有优势。
PS. 日本研究型大学联盟RU11就是以其中的7所旧帝大+东工+筑波+早庆组成的。也是楼主认为研究实力最强的11所日本大学。另外，日本课外辅导班一直有一种说法，日本的难关国立大学是”旧帝一工神“。现在慢慢发展成”旧帝一工神筑“，其中最顶尖的莫属四难关大“东京，京都，一桥，东京工业”。
私立大学：
- 庆应义塾大学，早稻田大学：关于早庆两所私立顶尖大学，对日本留学稍有了解的同学都知道一件事，那就是早庆的入学门槛并不如顶尖国立大学高，特别是经常被黑二本大学出身的中国人泛滥成灾的早大。所以在黑来黑去之间，大家对早庆的了解就没有那么客观；再加上由于学科设置的问题，早庆不同专业之间的录取难度是非常不一样的，换句话说，就是既有作为看板学部的顶尖专业，也有所谓大家传说中的“交钱就能上”的专业（这里不讨论是不是真的只要交钱了就能上，只是作为一个引用）。简单来说，一般 理工会优先考虑帝大而文科社科类会优先考虑早庆 。
接下去下面介绍一下早庆为何学费贵但人气度如此之高的原因。
（1）前面说了地处东京会给就职有一个很大的加成，早庆都占了。
（2）日本人高考由于政策原因（考试日期），通常国立大学只能报一所（后期就忽略不计了），私立大学可以无限报。在楼主看来，这个非常坑爹的政策就是导致社会地位上（主要反映在就职）早庆成为仅次于东大的原因。因为最好的学生，他们一般国立就报一下东大，私立会报早庆。东大如果考不上一般就去庆应了，庆应考不上再去早大。这样早庆就会招到非常多的顶级学生（东大落榜生）。当然，也存在非东大不上的同学（浪人），但是比例相对没有那么高。毕竟再多花一年时间考东大和直接上庆应，还是选择上庆应的会比较多。
（3）早庆由于高于国立大学学费的关系，很多工薪阶层的学生就不会优先选择，所以其入学难度不如顶尖的国立大学而且造成了富二代官二代比较多的局面，但是这个又是一个非常大的优势，因为就职的时候你会多很多关系网。 在日本找工作，除了你的能力等一些自身的因素，最重要的莫过于“拼校友”了。
（4）由于早庆不同于国立大学靠政府拨款而需要”靠自己“，需要把自己的名气做大做响而吸引更多的优秀学生，所以学校方面也会更多的注重宣传和帮助毕业生找工作，楼主表示帝大里面那些职业发展办公室的老师和早庆的比简直就是吃闲饭的。这也是为什么早稻田大学在中国名气如此之响的原因之一。
（5）每年从早庆毕业的学生数量远大于国立大学中规模已经算很大的东京大学，所以校友越多力量越大，其形成的”庆应派”（三田会），”早大派”（稻门阀）的影响力就越大。大名鼎鼎的庆应三田会在东京的地位可是一点也不输给东大赤门会的。
（6）在教授阵容方面，早庆的老师无论是背景还是学历都远不如国立大学的老师。所以老师们对你抓的松紧程度和要求都会比国立逊色不少（这里主要谈的是平均水平），导致了早庆的同学比国立的同学有更多的时间去就职（一个字概括就是水），以至于早庆的就职情况往往都很好。
最后，关于早庆两所顶尖私立谁比较好的问题，这个仁者见仁智者见智。早稻田走平民路线，庆应走精英式路线；早大由于招人多录取门槛没有那么高而鱼龙混杂；早大在国内名声有点太大了招致很多人的黑等原因，总体上感觉庆应比早稻田好的人会比较多。但我认为还是得 结合专业 来看，毕竟早大政经名气和实力都在那里。
