该校多个专业领域在东亚地区都是排在前列的，撇开领军的葡萄牙语、中医药、微电子、博彩管理等专业不谈，澳大的会计专业本科毕业的学生ACCA考试可以免考9门，ACCA给出的最多豁免门数也就是9门，在这个方面是和香港的一流大学是同等待遇的，而内地会计专业排名第一的厦门大学的会计硕士也只能免考9门。
澳门大学微电子已经跻身世界前十。澳门大学中文系是与北京大学中文系共建的，与香港大学中文学院、台湾大学中文系亦有交流项目，专业师资雄厚，生源优秀。校园人文气氛浓厚，学术环境自由开放，使澳门大学在粤语文化区内有“小北大”的称号。
澳门大学优势的学科专业有：
（最突出）电机及计算机工程、葡萄牙语、会计及信息管理、葡文法学；
（较突出）中医药、土木及环境工程、计算机科学、机电工程、应用数学、财务及企业经济；
（此外）生物医药学、数学、电子商业、政府与行政、教育学、英文、中文、传播。
特色书院
澳门大学早于2010年9月成立了两所试行书院──东亚书院和珍禧书院，为日后全面推行住宿式书院作好准备。中华人民共和国国务院总理温家宝在2010年11月视察澳门期间，曾到访澳门大学东亚书院，与学生会面和交流，并实地考察了书院的运作模式。随着于2014年迁校，澳大正式转型为书院制大学。至2016年，澳门大学已建立了十个住宿式书院，书院与学院制度相辅相成，在书院里，来自不同学科、不同年级的本科生一起学习、竞赛、娱乐和生活，并在同侪的激励与合作之下学习自律管理、自主行动、自我成长，达致全人教育的目的。
