1. 确定签证类型并准备材料：根据旅行计划和自身情况确定签证类型，如单次签证、三年多次签证或五年多次签证。不同类型签证要求不同，一般都需提供护照、签证申请表、照片、户口本等基础材料，还需根据个人身份提供在职证明、学生证明或退休证等，以及资产证明材料。例如，年收入达到一定标准的在职人员需提供工资流水或纳税证明等，毕业三年内的高校毕业生可减免资产证明。
2. 选择代办机构：日本驻华使领馆不接受个人直接申请旅游签证，需通过指定的代办机构办理。可选择正规的旅行社或签证代办公司，如携程、甜程旅行网等，也可在支付宝或微信上搜索相关签证代办小程序 。
3. 提交材料：将准备好的材料提交给所选的代办机构，可选择线上上传电子材料或根据要求邮寄纸质材料。代办机构会对材料进行初步审核，若材料不完整或不符合要求，会告知申请人补充或修改。
4. 缴纳费用：根据代办机构的要求缴纳签证费用和服务费用。日本旅游签证单次入境一般为 200 元左右，不同代办机构的服务费可能有所差异 。
5. 等待审核：代办机构确认材料无误后，会将申请资料送往日本领馆进行审核。审核时间通常为几个工作日到两周不等，期间可能会接到日本领馆的抽查电话，需如实回答相关问题。
6. 领取签证：领事馆审核完毕后，会将签证结果通知代办机构。若签证获批，申请人可根据代办机构的通知，选择前往领取签证或通过邮寄方式获取签证。拿到签证后，应及时仔细核对签证上的各项信息是否正确。