香港城市大学工程学院下共设有7个学系，不同学系下开设不同专业，7个学系分别是：系统工程系、建筑与土木系、生物医学工程系、计算机科学系、电气工程系、材料科学与工程系、机械工程系。
系统工程系
MSc Engineering Management
MSc Intelligent Semiconductor Manufacturing
建筑与土木系、
MSc Construction Management
MSc Civil and Architectural Engineering
Master of Urban Design and Regional Planning
Master of Architecture
生物医学工程系、
MSc Biomedical Engineering
计算机科学系、
MSc Electronic Commerce
MSc Computer Science
电气工程系、
MSc Electronic Information Engineering
MSc Multimedia Information Technology
材料科学与工程系、 MSc Materials Engineering and Nanotechnology
机械工程系
MSc Mechanical Engineering
