澳门院校的申请难度整体上低于香港院校，以下是一些具体情况对比：
本科申请
录取分数线：香港排名靠前的院校本科录取基本要求高考成绩高于一本线110分以上，英语成绩130分以上 。而澳门院校中申请难度最高的澳门大学要求高考成绩达到一本线，英语110分以上，其他澳门院校的高考分数线要求相对更低。
招生范围：香港有15所支持招内地学生的高等教育院校，招生规模相对较大，但申请人数多，竞争激烈。澳门共有6所院校支持招内地学生，招生数量相对较少，竞争压力相对较小 。
硕士申请
院校背景及成绩要求：香港的港大、港中文、港科大等顶尖院校对本科院校背景和成绩要求非常高，985/211本科学生一般要求GPA85+，双非本科学生GPA88+以上。而澳门院校相对宽松，如澳门大学非热门专业建议至少在80分以上，热门专业85分以上；澳门科技大学非热门专业GPA75+，热门专业GPA80+。
语言要求：香港院校普遍要求雅思最低6.5分甚至更高，部分专业要求7分以上。澳门院校的语言要求相对较低，如澳门大学雅思6.0分（单项5.5），部分澳门院校还可用四六级成绩申请。
实习及科研经历：香港院校比较看重学生是否有对口的实习经历或科研项目。澳门院校虽也会参考，但要求相对没那么严格。
博士申请
- 导师及研究计划：香港院校的教授对博士申请人的研究能力和研究计划要求很高，通常需要申请人有明确的研究兴趣和研究方向，并与导师的研究方向高度契合。澳门院校在这方面的要求也较高，但相对来说，对申请人的背景和研究计划的包容性稍强一些。
- 竞争程度：由于香港院校在国际上的知名度和影响力更大，申请香港院校博士学位的人数更多，竞争更为激烈，尤其是在一些热门学科领域。
