1841年，托马斯·里德尔受苏格兰长老会委托携带维多利亚女王的皇家来到金斯顿创立“女王学院”，这就是女王大学的前身。1847年3月7日，大学在城市边沿的一个小木屋里正式开课了，只有2个教授和13个学生。
最初的11年里，大学没有固定的校舍。在加拿大联邦成立之前，大学的经济来源主要依靠苏格兰长老会、加拿大政府和私人捐款。由于经济危机，银行破产，大学损失了三分之二的经费。多亏了校长斯诺格拉斯和其他校董在全加拿大的一次紧急募捐，学校被挽救了，可是仍不断有是否要并入多伦多大学以防经费来源中断的声音。后来，在女王学院的校友、第一赞助者Robert Sutherland的遗产捐助下，女王学院得以脱离不定的经济状态并且维持独立的学院。
1854年，女王大学成立了医学院。1861年，大学接管了金斯顿的天文观测台。1869年，女王大学招收了第一个女生。到了19世纪70年代，在校学生的人数已从15增加到100多。1881年5月17日，女王学院正式升格为大学。1912年脱离苏格兰长老会，并正式更名为“女王大学”（另被译为“皇后大学”）。
自1841年（建国前二十六年）成立以来，已有150年历史，以英国维多利亚女王命名，影响加拿大的教育颇深，且曾获得很多国际性的奖励及拥有很高的国际声望，被认为是加拿大传统的贵族学校。
女王大学曾是多项学术的先驱：女王大学的学刊是加拿大最早发行的大学刊物；女王大学是加拿大研究工作的先驱，此外，女王大学加拿大第一所开设政治及经济课程的大学；加拿大第一所开设放射物理课程的大学，第一所可以授予学位的高校；同时也是加拿大第一所建立学生会的高校。
女王大学拥有顶级的商学院及医学院；理工科中的工程物理专业为加拿大第一；几乎每个专业都同时提供本科与硕士课程，在课程难度、理论深度等方面进行了很好的衔接。
女王大学在学术上一直保持着很高的水准，本科生教育广受好评。在Globe and Mail（《环球邮报》、加拿大第二大日报）公布的大学排名中，女王大学获得学生满意度第一，学校口碑第一，职业口碑第一，建筑与设施第一。
女王大学现已开设的课程包括：应用科学、文理、商科、教育、研究院、法律、护理、体育、康复治疗、神学、艺术等，同时，学校不断增加其他具有领导性的专业。
校友文化是女王大学核心文化的重要组成要素之一，学校每年凭借校友的资助，建设许多新型设施装备。从实验室到体育馆，从图书馆到学生活动中心。校内0.45亿美元的Joseph S. Stauffer图书馆为学生提供便捷的电子服务；在考试期间，Stauffer图书馆一周24小时全天开放。
