一、入学时间不同
语言学校：每年 4 次入学机会， 1 月、 4 月、 7 月、 10 月，虽然申请机会较多，但人气颇高的语言学校很多学期都早早招满了人，所以如果有留学的打算，最好提早报名。
别科：每年 1-2 次入学机会。
二、学习时间不同
语言学校：学制从 3 个月 -2 年不等，大多数同学都会在语言学校完成半年以上的学习。如果在学期间收到了目标大学的合格通知书，便可以从语言学校毕业升学了。不过最长学制是 2 年，如果两年内还没能考取心仪的大学，那就要卷上铺盖回国了。
别科：学习时间为一年，不能延长或缩短。
三、入学条件及要求
语言学校：高中毕业即可入学，有些学校入学前会进行简单的面试或笔试。一般只需要学生提供日语学习证明，或有 JLPT 、 Jtest 的成绩证书。
别科：通常没有明确的入学要求，但因为别科的学习时间只有一年，一年内必须完成大学或大学院的升学，所以入学时最好至少掌握初级日语能力。
四、学习内容
语言学校：主要学习日语，以及和日本文化有关的兴趣类、文化类课程。不过，因为大多数学生都是从语言学校毕业后完成升学，所以语言学校还会设置升学指导课程。语言学校的课程都是半年制的，一般升学指导课程是在正式课程结束之后安排的，包括笔试指导和面试演练。
别科：日语学习也是别科最重要的学习内容，除了日语课程外，还有围绕日语的各类文化主题课程，让学生全面学习日本文化、了解日本社会。别科和语言学校的另一个不同是，学校有机会安排和世界各地前来交换的留学生们一起学习，因此可以和来自不同国家的同学交流异文化，课堂气氛轻松愉快。
五、毕业要求
语言学校：由于涉及到留学生签证的更新，语言学校对留学生的出勤率会有一定的要求。除了出勤，没有其他考试或学分的要求。
别科：学校一般对别科生的毕业学分有要求，所以学习任务比较重。同时，留学生也有签证更新的问题，所以出勤率也要保证。
