一、创办方不同
日本从小学开始，学校就分为国立学校、公立学校和私立学校。 因为日本教育法允许政府、地方公共团体、学校法人创办学校，所以由日本政府创办的大学称为公立大学，如横滨国立大学;由地方团体创办的称为公立大学，如横滨市立大学;由学校法人创办的学校称为私立大学，如早稻田大学。虽然国公立大学和私立大学的创办方不同， 但是它们都必须经国家教育主管部门批准，接受国家主管教育部门的领导监督。
二、竞争程度
私立大学有500所左右，占到日本大学总数的三分之二，国公立大学的数量远不及私立大学多。并且国、公立大学的教育水准普遍较高，特别是学费低廉，因此，报考人数多，入学门槛高，入学竞争相当激烈。据日本有关资料显示目前约有23%的日本学生在国、公立大学就读，77%在私立大学学习。合理评估自己的能力，才能申请到合适的大学。
三、经费来源
国公立大学的经费主要由国家财政拨款。
私立大学的经费主要来源于募捐、财团和学费。
私立大学的学费比公立大学要贵。
四、教育质量
国公立大学教学质量高，学费较低廉，学校实力相对均衡，不存在所谓的低水平大学。
私立大学需要看学校来区分，学校数量较大，教育质量参差不齐。但其中也不乏在日本乃至国内都非常有名气的大学，例如：庆应义塾大学、早稻田大学、上智大学、国际基督教大学等。
五、入学方式
国公立大学要报考可选择日语学校过渡后留学生考试后报考本科，或学部大学院研究生(预科)过度后成为正式生。
私立大学有自己的考试和选拔方式，根据学校和专业不同而不同。
六、费用
国立大学的学费全日本都是统一的，国立大学约有90%的留学生学费全免
1) 学部·大学院正规生
入学金——28.2万日元(约 16920RMB)(仅第一年支付)
学费——53.58万日元(约32148RMB)(每年支付或部分学校分期缴纳)
入学考试——学部17,000日元(约1020RMB)
大学院30,000日元(约1800RMB)
2)研究生
入学金——8.46万日元(约5076RMB)
学费——35.64万日元/年(约21384RMB)
入学考试——9,800日元(约588RMB)
私立大学的学费自行设置，私立大学只有部分优秀生可以申请到学费全免。
入学金——25—35万日元左右(约1.5万-2.1万RMB)
学费——在90—200万日元左右(约5.4万-12万RMB)，医科、齿科、药科和艺术的课程则偏高。
日本国立大学和私立大学都各有利弊，学校的选择还是要从自身的实际情况以及家庭经济条件来判断，在留学这件事情上，没有最好的选择，只有最适合自己的选择。
