1. 东京大学医学部
东京大学建于1877年，是日本的一所国立大学，也是亚洲创办最早的大学之一。东京大学至今已培养了13名诺贝尔奖得主、15位日本首相等的一大批名扬国内外的学术家、工商巨子、政经菁英。所以说，东京大学是日本乃至亚洲的最高学术殿堂，世界顶尖院校之一。
在日本的医科大学中，东京大学可谓门槛高之最，淘汰率高之最。但也因此，保证了其日本大学第一的地位。东京大学医学部脑科在世界非常有名。
2. 庆应义塾大学医学部
私立大学中的最好的名校之一，庆应义塾大学医学部创建于1917年，该部已培养出7,000余名毕业生，他们活跃在世界各地，在医学教育、研究、医疗保健、医务行政等方面均做出了很大贡献。在东京信浓汀校区新建的大学附设医院为日本屈指可数的几个最先进医院之一，全部由计算机控制，有360个终端，1071张病床，每日就诊人数可3700多人。
3. 京都大学医学部
京都大学创建于1897年。至2016年，京都大学已经诞生了9位诺贝尔奖得主。根据2017年Times世界500强企业CEO校友数量排名，全球第12名，可谓巨擘辈出，其毕业生在科研术界乃至政界商界普遍拥有举足轻重的地位。
京都大学与东京大学，其实是类似中国的北大和清华的竞争关系，东大是强，但京都大也不会落后分毫。
4. 大阪大学医学部
大阪大学，是一所本部位于日本大阪府吹田市的世界级著名研究型国立综合大学，是日本7所帝国大学之一，最新世界排名为63。大阪大学的校友涵盖了日本第一位诺贝尔奖得主湯川秀樹，也诞生了沃尔夫奖、拉斯克奖、克拉福德奖得主等等，其在科学研究等许多方面可谓人才辈出、享誉世界。
5. 東京医科齿科大学
东京医科齿科大学，于1928年建立，位于日本东京都文京区，是日本著名的国立大学。其齿学部是日本最早成立的公立牙医学教育机构，也是“旧六齿科大学”之一，2004年4月成立国立大学法人。现在，东京医科齿科大学已设立了2个学部、2个研究科、2所图书馆、2所附属医院，以及众多的研究机构。
日本最好的牙科大学，其综合实力毋庸置疑。
6. 九州大学医学部
九州大学，日本7所帝国大学之一，位于日本九州福冈县福冈市，一所著名研究型国立综合大学。前身为京都帝国大学附属福冈医科大学，是京都大学的分部。而今九州大学在日本乃至世界上均占有重要的学术地位，是西日本医学名校代表，其九州大学医学部在世界知名度非常高。
7. 东北大学医学部
东北大学，日本7所帝国大学之一，位于日本东北地区仙台市，为八大学工学系联合会成员、日本学术研究恳谈会(RU11)成员、东亚研究型大学协会成员、环太平洋大学联盟成员，已成为包括文、理、工、医、农各科的日本国立研究型综合大学。
日本7所帝国大学之一，医学部在国立大学的医学部中，实力也名列前位。本着“研究第一”为目的，该学院具有高端研究教学设施，聘请高级顶端医学教员，是各国留学生求医学习的首选，也是医学访问学者及博士后的青睐目标之一。
8. 东京慈惠会医科大学
东京慈惠会医科大学是一所日本私立大学，建立于1881年，1921年开设大学教育，大学的简称为慈惠医大。东京慈惠会医科大学是日本私立的旧制大学中最古老的单科医科大学，当时只设立了医学院，以培养医师和看护师为目的。由学校法人慈惠大学运营。
东京慈惠会医科大学博士设有护理学专业、医学专业。本校的教育体制入选了日本文部科学省的“特色大学教育支援大纲”。以配备了最新教育设备的学校1号馆为首，学校拥有众多先进教育设施。
9. 顺天堂大学
顺天堂大学是日本一所一流的医科私立大学。建立于1838年，作为一所实施医学教育的高等学府，历经180多年的发展与努力，一直以其悠久的历史和严谨的治学为特点，以其卓越的业绩和临床医疗实践经验，在日本医疗教育与医疗实践领域发挥着无可替代的重要作用。
与此同时，顺天堂大学在教育科研领域亦不断发展。目前已开设了5个本科学位课程与3个硕士及博士研究生学位课程，专业方向涵盖医学科学、运动健康科学、护理医疗科学、护理保健科学和国际教养学等。
10 .日本医科大学
日本医科大学是日本一所私立大学，建立于1876年，1926年开设大学教育，大学简称“日本医大”。日本医科大学设有本科和博士专业，如医学、生理学、病理学、社会医学、内科学、外科学等。
与庆应、东京慈惠医学部并称医科大学御三家，历史悠久，文化底蕴深厚。高质量的医学教育水平，在医科大学中也是极为有名。
