澳门大学先后于2010年11月及2018年7月获得中华人民共和国科学技术部批准共设立三间国家重点实验室，分别是：中药质量研究国家重点实验室（SKL-QRCM）、仿真与混合信号超大规模集成电路国家重点实验室（SKL-AMSV）、智慧城市物联网国家重点实验室（SKL-IOTSC）。
中药质量研究国家重点实验室
中药质量研究国家重点实验室（SKL-QRCM）致力于中药质量评价的关键科学和技术问题，建设完整的中药质量研发平台，凝聚建设多学科交叉的学术团队，开展系统的转化型研究，为中药创新研发建立科学质量标准，发挥国际辐射交流作用。
模拟与混合信号超大规模集成电路国家重点实验室
模拟与混合信号超大规模集成电路国家重点实验室（SKL-AMSV）主要开展各种电子系统的尖端研究，聚焦模数转换器和低功耗射频芯片两个主要研究方向，同时积极发展电源管理和微流控芯片研究方向。
智慧城市物联网国家重点实验室
智慧城市物联网国家重点实验室（SKL-IOTSC）为全国第一间智慧城市物联网领域的国家重点实验室，开展基础性和共性的理论、演算法和系统研究，开发智慧城市示范应用。实验室科研主要围绕五个方向：智慧传感与网路通信、城市大数据与智慧技术、智慧能源、智慧交通、城市公共安全与灾害防治。
科研成果
根据国际论文资料库科睿唯安Web of Science（WOS）显示，高端科研期刊论文发表数目由2007年的77篇增至2020年的超过2,000篇，2020年澳大论文获引用超过42,000次。芯片研究是澳大的主要方向之一，旨在研究开发模拟及混合信号集成电路和系统，并建立先进的研发平台。芯片研究获国家科技进步奖二等奖，在国际固态电路会议发表论文数量名列全球第二，仅次于英特尔（Intel）。中药研究是澳大极具特色的研究领域，致力中医药品质及国际标准研究，成果获国家科技进步奖二等奖、创新中药产品获国际发明金奖及40余项澳门科技特别奖。
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