上智大学命名的由来，据说是已被评为天主教“「圣マリアの连祷」（上智の座）圣玛丽 塞德Sapientiae（索菲亚）之祈祷所命名。Sophia University的“Sophia”本义是希腊文σοφίᾱ（智慧），向世人展示上帝的智慧，代表着上智大学的建设理念和教学精神。上智大学有三大教育精神，分别是“为了他人，与他人共生”，“跨学科的网络”、“对应全球社会的能力”。
上智大学的起源可追溯到耶稣会传教士圣方济各沙勿略登陆鹿儿岛的1549年。传教士圣方济各沙勿略怀着创立天主教大学的理想，并希望把亚洲和欧洲最高水准 的知识和传统集合起来。圣方济各沙勿略的这个愿望终于在20世纪初期，由来自德国，法国及英国的传教士来日设立大学而得以实现。1913年上智根据专门学校令正式开校，1928年根据大学令正式升格为大学。1932年开设了专门部，也是日本第一个新闻学系，1933年发生了“上智大学拒绝参拜靖国神社事件”，1949年设立国际部，1957年开始接受女子学生，1970年开设了外国语研究科的硕士课程，2013年是上智大学建校100周年，2014年开始实施TEAP型入校考试。
上智大学的历程可谓是致力于培养为他人做出贡献的全球化人才的历史，进一步发展其成果的“创建拥有复合中枢功能的全球化校园和确立支援治理体制”的构想于去年被文部科学省的“超级全球化大学创建支援”项目所采纳。上智大学提出了将外国留学生人数增加至3000人左右以及将基于大学之间的双边协议的派遣学生提升至全体学生的7成等目标。上智大学计划建设汇集来自日本国内外的众多教职员工和学生并具备优良留学环境的全球化校园，并发展为具备包容学术和文化等的多样性的中枢功能的大学。上智大学治学不分人种国籍，旨在提升所有学生潜能的具有高度国际性的教育课程的基础上，努力培养毕业后能够在国际机构、NGO・NPO乃至经济界的广阔领域中大展身手的实干人才。
目前上智大学有9个学部和10个研究科，分别是神学部、文学部、综合人类科学部、法学部、经济学部、外国语学部、综合全球学部、国际教养学部、理工学部以及神学研究科、哲学研究科、文学研究科、综合人类研究科、法学研究科、经济学研究科、外语学研究科、理工学研究科、地球环境研究科、全球研究研究科（国际关系等）。其中神学部和外国语学部比较有名。
上智大学为使留学生有足够的选课机会，不仅提供日语教学课程，还提供英语教学课程。上智大学每年接纳众多的留学生，包括短期培训生和正规课程生。上智大学位于东京的中心地段，这里是日本名符其实的政治、商业及文化中心地。除了皇宫、国会议事堂、迎宾馆、国立国会图书馆以外，还有许多跨国公司的办公楼都在上智大学的步行范围之内。在上智大学，不仅有学习日本和亚洲的机会，还有学习日语，英语及其他语言的机会。不管是在本科院系还是在研究生院，都可以取得世界一流水准的人文，社会科学以及理工学科的学位。
