从大类上来看，可以提供医学修士和博士学位的，分为大学医学系研究科、大学附属医院、研究所3大类。
大学的医学系研究科，等同于国内的基础医学院，发文章能力较强。如果你是临床五年制的学生，可以考虑申请大学医学系研究科的修士或博士，直博更为划算。对于日本人来说，医学院的修士主要是生物类的四年制学生申请的。
第二种是大学的附属医院，等同于国内的专业型博士。但因为大部分申请的学生没有日本的医师执照，所以无法参与临床工作，进入医院后，主要在医院的研究室，或医院合作的基础研究室里进行研究工作。
第三种是研究所。有些研究所的教授可以通过大学进行进行招生，拿该大学的博士学位。
以东京大学为例，进入东京大学读医学修士或者博士就有这三种选择：第一种是位于本部校区的医学系研究科，以基础研究为主；第二种是东大的附属医院，以内外科为主；第三种是研究所，有各种研究方向的教授。大家可以根据自己的职业发展来选择入学路径。
