东京科学大学的logo由一个大大的"S"符号标记和"东京科学大学"的英文名称「Institute of Science Tokyo」组合而成。东京医科齿科大学和东京工业大学都是日本国内知名的学府，各自在医学、齿学、工学等领域有着卓越的成就。两所大学的合并将进一步促进这些领域的研究和发展，提高学术水平，培养更多优秀的人才。
"S"符号标记的上下两条弧线代表了东京科学大学追求的两个理念："科学的进步"和"人们的幸福"，以及东京医科齿科大学和东京工业大学这两所大学的历史，中间的弧线紧密地将它们连接在一起。整体形状向右上方动态展开，代表了融合知识和技术的追求心态、社会参与和共同创造的态度。
两校在各自领域都拥有擅长的尖端研究，合并后会更加优势互补，培养复合领域的顶尖人才，甚至可以自由结合自然科学各个领域创造出新的学术领域；合并后，东京科学大学有望成为与东京大学、京都大学、大阪大学等这些日本实力最强大的旧帝国大学并列的国立大学，甚至改变日本前5名校的格局。
