旧东京商船大学长年涌现出了许多支撑日本商船队的水手和海员，与打下水产立国基础的旧东京水产大学一同，至今仍致力于海洋科学相关领域的教育与研究。
大学法人本部及海洋科学部设于品川校区，进行海洋环境、生物资源、食品生产、海洋政策文化等研究。
海洋工学部设于越中岛校区、进行船舶职员的培养。同时，它是东日本唯一进行物流领域教育与研究的大学。
目前设有海洋科学部（海洋环境学科，海洋生物资源学科，海洋食品科学学科，海洋政策文化学科）和海洋工学部（海事系统工学科，海洋电子机械工学科，信息流通工学科）。并且相应的专业都带有研究生课程。
