基于上述的历史经验及历程，国立大学法人长崎大学设置的理念是「通过继承扎根于长崎的传统文化，培养心胸宽旷，创造维护世界和平的科学而为社会和谐发展作出贡献的理念为依据，力图教育与研究的高度化与个性化，协同亚洲各地区共同前进，在继续成为世界不可缺少的知识情报传播基地的同时，培养能为地区及国际社会发展作贡献的人才」。
秉承建校理念，长崎大学制定了「提供重视实践教育的最高水准教育，培养视野宽阔、富有教养并掌握高度专业知识、具备丰富的课题探索能力及创新能力的人才，为地区及国际社会作贡献」的教育理念。
长崎大学的学部较多，包括教育学部、经济学部、医学部、齿学部、医学部、工学部、环境科学部、水产学部、共8个学部以及教育学研究科、经济学研究科、工学研究科、水产·环境科学综合研究科、医齿药学综合研究科、国际健康开发研究科等研究生院。
