滋贺大学仅设有教育学与经济学专业，是一所文系高等学府。 其经济学专业继承旧制彦根高等商业学校「士魂商才」的精神，以培养职业商界人才为目的，在日本关西地区备受好评。 经济学部位于彦根校区（彦根市马场）、教育学部位于大津校区（大津市平津），两校区之间有相当远的距离。
滋贺大学设立有以下的本科专业：
经济学部：经济学科（基础理论讲座、应用经济讲座、政治经济论讲座、比较经济论讲座）、金融学科（金融计划讲座、金融体系讲座、金融市场讲座）、企业经营学科（管理讲座、科学管理讲座、管理政策讲座）、信息管理学科（数理科学讲座、经营信息讲座、信息基础讲座）、社会系统学科（社会系统讲座、信息思考系统讲座、系统法讲座、国际文化系统讲座）、会计信息学科（财务会计讲座、国际会计讲座、管理会计讲座）、人才培育课程。
教育学部：学校教育教师培养课程（初等教育课程：教育文化专修、学校心理专修、学校临床专修、幼儿教育专修、国际理解教育专修、初等教科专修、国语专修、社会专修、算数专修、理科专修、音乐专修、图画工作专修、体育专修；中等教育课程：英语专修、国语专修、社会专修、数学专修、理科专修、音乐专修、美术专修、保健体育专修、信息技术专修、家庭专修。智障儿童课程：智障儿童教育专修）；环境教育课程（环境教育专修）。
滋贺大学目前设立有以下研究生专业：
教育学研究科：学校教育（教育学、学校经营、教育社会学、幼儿教育）、环境教育（环境教育总论、环境教育方法论、湖沼·地域环境教育论）、情报教育（情报教育基础论、情报教育方法论、情报教育应用论、教科情报教育方法论）、残障儿教育（残障儿教育、残障儿心理、残障儿生理）、教科教育（国语教育、社会科教育、数学教育、理科教育、音乐教育、美术教育、保教体育、技术教育、家政教育、英语教育）。
经济学研究科：经济学（理论经济学、数理经济学、现代资本主义论、内外金融系统论、国际经济论、统计学、经济社会学、商事法）、经营学（经营学原理、财务管理论、人力资源管理论、市场战略论、情报网络论、技术管理论）、全球化·金融（衍生论、数理金融论、信用风险·管理论、金融公共政策学）。
