1.东京大学：各方面学科都很强，其中法、理、文、医位列日本第一，经济学研究科不收私费留学生

2.京都大学：AAO事前审查制度，审查通过不代表拿到内诺，只是可以联系教授，仅次于东京大学，学校偏向理科

3.东京工业大学：理工科很强，所有研究科都有英文授课项目。专攻方向工程技术与自然科学，是日本顶尖、是世界一流的理工科大学

4.大阪大学：理工科较强，医学、高分子材料、人工智能都不错

5.东北大学：金属材料是世界第一，工程、物理、药学、语言学、社会学等学科均处于世界一流地位

6.名古屋大学：物理学，化学世界闻名，08年、14年获得诺贝尔物理学奖，01年、08年获得诺贝尔化学奖

7.九州大学：超导、等离子体，海洋、火山、地震预测，癌的研究，是RU11成员之一

8.北海道大学：传媒、农学、医学都不错，化学、工程学、林学位于世界top100

9.筑波大学：理工工科比较强，图书馆情报最好，教育学跟建校历史有关，前身是东京高等师范学校

10.广岛大学：教育学非常强,和国内的中国科学院、北京大学、首都师范大学、北京师范大学、大连理工大学、南开大学等学校都有合作交流关系

11.东京医科齿科大学：医学位列日本第4位，齿学位列日本第1位(世界第3位)

12.神户大学：旧商科之一，港口和船舶也不错，经济学研究科只能本专业申请，经营学研究科只有四月招生

13.横滨国立大学：小型名牌大学，培养少数精英，商科比较好，和清华大学、上海交通大学、北京师范大学等学校都有合作交流关系

14.千叶大学:景观园林专业日本第一，理科、文科方面拥有较高入学难度，医学、理工科、艺术专业不错

15.一桥大学:只有文商科，商科排名日本第一。只招收合作院校的研究生

16.长崎大学:旧官立大学之一，医学非常强，和同济大学、中国药科大学等学校都有合作交流关系

17.新泻大学:创立最早的国立大学之一,旧官立大学之一,医学,传媒专业很强,合作交流院校有北京大学、清华大学、白求思医科大学、吉林大学等国内名校

18.大阪公立大学:商科很强，大阪市立大学和大阪府立大学合并而成

19.熊本大学:医学非常强,和国内四川大学、北京大学、北京中医药大学、南京中医药大学、中国医科大学、大连理工大学、哈尔滨医科大学以及中国医学科学院都有合作交流关系

20.冈山大学:医学非常强，学校规模和帝大水平相近,和浙江大学、北京航空航天大学、北京大学、上海交通大学、郑州大学、中国医学科学院都有合作交流关系