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生物成像和信号处理（Bioimaging and Signal Processing）生物医学成像、图像处理和信号处理等各个方面。包括核磁工程、 CT 等几个方向。那么后期的图像处理是更接地气的一个方向，比如说是给医生一个核磁共振的图，现在大多都是用肉眼去看，以后肯定是要通过计算机的算法去看，这是由 BME 下的图像处理来完成的。
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生物力学和机械生物学（Biomechanics and Mechanobiology）生物力学和机械生物学是由生物对作用力和应变的反应联系起来的。要了解负荷对生物系统的整体影响，重要的是不仅要考虑力应用所导致的变形和剪切速率，还要考虑短期和长期的生物反应。
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生物微机电/生物纳米（BioMEMs / BioNANO）BioMEMs将微小芯片用于生物和医学应用方面。因其形状简单，在先进的生物技术领域中，利用微细加工和微加工等技术来快速的、经济的建成可进行自动化测量的纳米级实验室。在更复杂的情形下，BioMEMS设备为人造器官、独特的药物疗法及观察细胞交流的新途径提供了一个宽广的渠道。
4.生化和生物环境工程（Biochemical and Bioenvironmental Engineering）药物生物处理、生物材料、组织工程、药物输送、环境微生物学、生物处理/生物修复和环境建模方面。
5.电机控制（Motor Control） 一个跨学科的分支，目的是了解感知运动过程，控制和协调人类运动。对正常行为的学习和协调的洞察力将 为更好地理解诸如中风、帕金森氏症和他们的康复等神经系统疾病的异常行为提供基础。是神经科学、生物 学、控制理论、力学和动力学的交叉学科。
5、计算生物学（Computational biology）利用计算机工程和计算的优势应用于生物工程。比如说我们检测到一个 人的 DNA ，我们想要预测他以后会长多高、多胖。那么这个手段就要依靠计算生物学来完成。计算机生物学还有另外一个方面，就是基于常微分方程的一个方向，比如我们知道心脏的收缩是通过生物电在心脏表面的传输，收缩的节律完全是由生物电传输的速度来调控的。那么在什么情况下我们才能让心脏的收缩更节律呢，这就是计算生物学下一个大的方向。
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细胞和组织工程（Cell and Tissue Engineering） 生物分子工程、计算建模、发育生物学、成像、材料科学、纳米流体、机械生物学、分子细胞生物学和系统生物的交叉学科。是国外 BME下的一个大的方向。主要是指用细胞或者基因工程的手段对细胞或者组织进行改造。比如说我硕士做的组织工程，人可能会随着年龄的老化，他身上的器官或者组织会有变化，我可以给他在体外为他人造一个，重新更换。
