东京大学是日本创办的第一所国立大学，也是亚洲创办最早的大学之一。它的前身是明治时期创办的东京开成学校和东京医科学校。如果追溯得更远些，最早是幕府时期设置的“兰学”机构“天文方”、昌平坂学问府、种痘所历经演变而来。明治维新初期，日本政府公布了“新学制令”，为向欧美学习打开门户，于1877年根据文部省指示将上述两校合并，定名为东京大学。当时已有一东京大学定规模，在校生有500余人，设有文学、法学、理学、医学4个学部，不久文部省兼管的东京法律学校并入该校，隶属法学部。
1886年，明治政府为适应国家需要，培养具有国家主义思想的人，颁布了“帝国大学令”，东京大学改名为帝国大学，采用分科大学制，原来工务省管辖的工科大学，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科大学，相继成为帝国大学的工科大学和农科大学，以前原有的几个学部分别改为法政大学、医科大学、文科大学、理科大学；并开始设置研究生院，成为一所名符其实的大学。1986年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选10所世界著名大学时，东京大学作为亚洲唯一代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。
和其他优秀的亚洲高校相比，东京大学在治学理念上有两个显著的特点。其中第一个，是将“教授治校”放在学校管理的核心位置。这可以说是东京大学各院系保持高度专业性和学术性的一项根本保障。除了管理奖学金、支援留学生等服务性部门，东京大学的各个院系几乎都没有专门的行政人员。每个院系的管理者，就是它们自己的教授和老师，甚至连学籍管理、网络维护这些杂事都是由教师们亲力亲为。在这样的管理模式下，每个院系甚至每个老师都享有高度的自治权，他们的每一个行政措施，都是为教学和科研服务的。在这样的管理模式下，东京大学的学术自由得到了充分发挥。
和中国大学的研究生院一样，日本高校的硕士、博士教学也普遍采用导师负责制。但在东京大学，每个院系，甚至每个老师都可以决定自己研究室的组织结构。比如，在某文科研究生院中，研究文化史的老师对“师傅带徒弟”的模式非常看重，而研究互联网文化的导师却采用开放式论坛，每一个研究室的气氛都是独一无二的。
