日本大学根据设立主体不同，分为三大类：
国立大学、公立大学和私立大学。
1.国立大学
日本国立大学是指日本国家政府直接设置的大学，由国家全额出资建立，根据《国公立大学法》成立独立的日本国立大学法人。说到国立大学，比较有名的当属旧制七所帝国大学：东京大学、京都大学、东北大学、北海道大学、九州大学、大阪大学、名古屋大学。这七所大学现已成为日本最高教育水平的国立大学的代表。另外其他比知名的国立大学，诸如一桥大学，横滨国立大学，筑波大学，千叶大学，广岛大学，熊本大学等等。
日本的国立大学优势很多，也是众多留学生争先申请的对象。以学费低廉+奖学金丰厚+科研能力强+认可度高著称，但考学难度相对较大。
2.公立大学
公立大学是指日本地方政府设立的大学。他的主要经费来源便是政府财政拨款，占据大学经费的60%以上，学费收入仅占20%左右。公立大学的学费和国立大学相差不大，但入学金上可能会稍有差别。在专业设置上，相较于国立大学，公立大学更偏向“小而精”。想在某一领域有长远发展，但是对考取顶尖国立大学又缺乏信心的同学，可以着重考虑一下公立大学。
比较出类拔萃的公立大学有：东京都立大学、横滨市立大学、名古屋市立大学等。
3.私立大学
私立大学是由民间资本所维持经营的大学，一般是指由非地方或者中央政府投资，全部或者部分的依靠学生的学费来维持大学的经营而非公共资金，而且校方有权自主选择生源的大学。据统计日本私立大学约占大学总数的76%左右。
与国内的民本（私立）院校不同，日本私立大学在基础设施，资金来源，教师队伍等方面都有很大优势。同时具有极大的独立自主性，因此在课程设置方面，往往能够与时俱进，不断创新，以便满足市场形势的需求。
私立大学推荐：早稻田大学、庆应义塾大学、明治大学、法政大学等
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