香港浸会大学中医药学院建立有八个研究中心，包括「岑尧宽岑碧泉纪念癌症炎症研究中心」、「骨与关节疾病转化医学研究所」、「香港中医药临床研究中心」、「高志明伉俪柏金逊症研究中心」、「康臣肾病中药研究中心」、「中药标准化研究中心」、「整合生物信息医学与转化科学研究所」及「精准医学与创新药物研究所」。 学院除了在校园的学院大楼建有设备先进的实验室，也在香港科学园及设于内地的香港浸会大学深圳研究院及香港浸会大学常熟研究院建立了研究基地。
学院近年研究表现出色，除了屡获浸大、香港特区政府以至内地政府的研究资助，经常在高影响因子的学术期刊发表论文，每年提交的研究专利申请和获授专利权的数目也有长足进步，奠定了学院在香港中医药科研范畴的领先地位。
学院积极与业界建立合作关系，共同组建「大学-企业协同创新平台」，通过整合及充分利用学院和合作机构各自的优秀创新人才和科研资源，携手开展研究项目，实现研究成果产业化，推动中医药创新研究，促进中医药产业的发展。
学院经常与海内外学术及科研机构合作，举办大型国际学术会议，促进中医药范畴的交流合作，并参与世界卫生组织及国际标准化组织在中医药标准化方面的工作，参与制订两项中药编码系列国家标准及适用于香港的三种常见疾病的中医临床实践指南，以及协助香港卫生署制订中药材标准，为中医药的标准化及国际化作出贡献。
硕士式硕士有以下专业可以申请：
Master of Chinese Medicine (MCM)中医药硕士
(MSc) in Drug Discovery (Modernization of Chinese Medicine)药物发现（现代化中医药）硕士
(MSc) in Personal Health Management (Chinese Medicine) 个人健康管理（中医药）硕士。
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