奥塔哥大学主要有四个学院以及一个中心，分别是预科语言中心 (Pathway and English Language Centre)，健康科学学院 (Division of Health Sciences)、人文学院 (Division of Humanities)、理科学院 (Division of Sciences) 和商科学院 (Otago Business School)，每个学院里都又包括许多不同的学科。
奥塔哥大学预科课程为准备进入本科学习的学生们提供学术知识和入学资格。英语语言中心则提供满足提高英语能力以及满足入学条件等不同需求的英语语言课程。
语言中心提供了丰富的英语课程供预科生、本科生和研究生选择，也是经注册认证的雅思、托福和TOEIC（英语作为国际交流语言的考试）考试中心。
而在预科课程中，学生们将从4个方向﹙文科，商科，自然科学，健康科学﹚中选择其一进行学习。为以后进入大学的四个学院提供的商科，健康科学，人文科学和理科的本科学位课程做好了准备。
健康科学学院
奥塔哥大学的健康科学学院拥有在世界上享有盛名的新西兰第一所医学院。学院提供了生物医学科学、牙科技术、牙医、健康科学、医学检验科学、医学、口腔健康、药剂学、物理治疗等本科课程。此外，也提供100多个健康领域的研究生课程。其中，牙医专业更是在全球范围内排名进前50名。
毕业生和研究的高标准在国际上得到认可，健康科学学院的目标是为新西兰和全球提供高素质的专业人才。
学院的所有课程都包括大量的临床或实验室学习，帮助学生掌握必要的知识、技能和经验，为进入医疗保健的职业生涯做好准备。
人文学院
奥塔哥的人文学科涵盖艺术和社会科学以及专业课程，如法律、教师、社会工作和神学。奥塔哥大学的人文教育将会培养同学们基本的终身学习技能，如批判性思维、沟通技能、人际关系和团队合作技能，以及分析和解决问题的能力。
最近公布的新西兰政府绩效研究基金（PBRF）质量评估结果证实，奥塔哥的人文学院是全国艺术、社会科学和人文科学领域的顶级研究机构之一。
学院的所有的教学都是以研究为基础的，每年的学生调查也显示，学生对奥塔哥人文科学课程和教学质量的满意度非常高。
