商业分析和金融工程都是近几年来热门的商科，国内商业分析研究生项目应该是还没开放，或者说很少很小众，金工发展得相对成熟；而在国外研究生项目，两者的热门程度是旗鼓相当。它们的主要区别是以下方面：
学科性质
金融工程一般会设置在工学院下，或者是工学院与商学院合办的项目，属于工科性质的学科。它主要采用数理建模方式去估测金融工具的价值规律，从而研究新的金融产品、交易方式等。金工的课程设置会涉及金融衍生品和编程。
而商业分析都是属于商学院的。它是一个商科与数据科学相结合的专业，建立模型去分析某产品的商业价值或者做投资决策。它是更加偏商科的学科，课程一般会学习市场营销和简单的编程（R、Python）,注重培养数据分析的专业技能。
发展程度
金融工程是比较老牌的学科了，自从计算机技术普遍应用于金融开始就出现了该学科，市面上也有很堵经典的金工教材。而进攻在国内企业中发挥空间不是很大，因为很少有用到这类高端技术的情况；而在国外投行几乎是刚需了。
商业分析是近几年的新兴学科，是在大数据时代应运而生的新商科。有很多名校才陆陆续续兴办商业分析的项目。
就业
总体来说，商业分析的就业范围要比金工广一些，但是就业的“天花板”是比不过金工的。金工专注于金融领域，做的东西比较尖端，一般都是有良好计算机基础的人在做。而商业分析做的岗位基本上就是数据分析师了，现在很多大企业比如互联网金融公司都需要数据分析师，而一些其他行业也有这类需求
