1 、考试方式和毕业就业升学等
在入学方面，国立大学要求必须参加留学生考试，而私立大学是独立的设立考试和考点。 由于国立大学在学术研究方面的优势，进入大学院在国立大学却非常普遍。2017年東京大学3037名毕业生中，有1541人选择继续读书而非就职，比例约为50%。而早稲田大学的整体进学率只有19.5%。所以，私立大学的学生在本科毕业后更倾向于直接就职。私立大学一般从创立之初就设立了就业支援部门，关于求人情报和求职论坛、求职咨询的信息都很丰富。
2 、入学难易程度不同
日本国公立的教育水平较高，加上学费低廉，因此报考门槛高，竞争激烈。国立大学三十名都是最好的，整体教育质量和难考程度大于私立。私立大学里也有不逊色一流国立大学的学校，如东京都立、大阪市立、横滨市立等等。
3 、学费不同
