根据研究的具体内容，经济学大致可分为理论领域和实证领域，在理论研究中，尤其是博弈论领域，东京大学拥有绝对话语权。东京大学在经济学理论领域方面持续占领着日本第一的位置，所以如果想要学习理论研究，尤其是博弈论方向，东京大学绝对是不二之选。
东京大学的两个研究科设置有经济学修士课程，一个是公共政策大学院，另一个是经济学研究科。
从“公共政策大学院”的名字也可以看出来，这是一个偏向实用的学科。通过对法律，行政，政治，国际关系，经济学知识的教授，来培养政策制定者的实务家。公共政策大学院毕业不需要写论文，当然这不意味着它就好考，或者好毕业，比较适合追求经济学实际应用能力的人报考。
経済学研究科里有很多专业，大致上可以分为经济类和管理类，其中经济类包括经济学、统计学、地域研究、经济史；而管理类则包括经营学和计量金融（quantitative finance）。
経済学研究科的经济学对理论知识的要求，相较于公共政策大学院要高一些，入学后可以学习微观経済学、宏观経済学、労働経済学、財政・公共経済学、環境経済学、開発経済学、国際経済学、都市経済学等多种方向。経済学研究科需要写毕业论文，比较适合对经济学有浓厚兴趣，想做研究的同学报考。
公共政策大学院的选拔方式为：入学願書審査、外国語審査、専門科目審査、口述試験。
入学願書審査关注的是考生的学習計画書和推荐书。学习计划有规定的样式，需要大家在2页的范围内，阐述自己在大学院的学习计划，以及自己的学习计划与未来规划的联系，还要填写上自己除了学习以外的活动。所以大家可以在提交材料前参加一些有价值的学术活动，做背景提升。推荐书同样是有规定的样式，参考前文经济学研究科。
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