与其他国家不同，日本国内并没有严格意义上官方发布的本国大学排名。这主要是因为日本大学只按地区排位，以地区上各大学的偏差值高低来决定，并没有统一排位。日本大学分为国立大学和私立大学两类，日本国立大学偏重学术研究，日本私立大学偏重社会实践，两类学校有风格差异，各有优势。
据日本文部科学省发布，日本目前拥有国立大学86所，公立大学86所，私立大学603所，计775所大学。学生数量方面，国公立大学由于学校数量较少，加上招生严格和学费低廉，所以学生数仅占全体的百分之五。
由于世界大学排名主要依据学术研究，所以担负着研究机构的国立大学有较好的世界排名和知名度，交大日本大学学术排名前十均为国公立大学。而私立大学由于已毕业学生规模在社会较多，因此在日本就职时略占优势。
日本官方没有私立大学排名，依据国立大学排名及日本民间对大学的一个印象大致分级，结合学术排名和就业水平，反应日本人眼中大学档次。另外各院校拥有不同的优势学科，诸如东京大学法学部、一桥大学经济学部、东北大学文学部、大阪大学外国语学部。
民间排名把日本的大学共分为了S级到F级。其中，S级大学最好，是国际超一流大学；A级其次，是国际一流大学；再往下是B类国内一流大学、C类国内准一流大学、D类国内二流大学，以此类推超过600所大学被归为E、F级别大学。
日本国内共有775所学部大学（学历对应我国870余所本科大学）及众多专门学校（学历对应我国大专、专科院校），但因中国政府不承认日本专门学校，所以大多留学生还是选择进大学。
中国国内有112所211院校、39所985院校，而日本类政府类似211、985工程大学的计划是日本文部科学省在2014年提出的超级国际化大学计划的30余所大学，目的旨在建立日本及世界性的超一流大学 。
综合国立大学、公立大学、私立大学多角度排名（非仅学术排名），仅供参考（日本国公立大学统一入学考试时，大都需要受验5-7科或全科受验，而私立大学只需受验1-4科目，因此即便当公立和私立大学入学偏差一样时，也无法硬性比较学校高低）
日本有四所大学院大学，由于没有本科设置，不参与排名:综合研究大学院大学、政策研究大学院大学、北陆先端科学技术大学院大学、奈良先端科学技术大学院大学。
国际超一流大学
【S】：东京大学、京都大学、一桥大学、 东京工业大学
国际一流大学
【A+】：大阪大学、名古屋大学、东北大学
【A】：广岛大学、九州大学、北海道大学、庆应义塾大学、早稻田大学、筑波大学
日本一流大学
【B+】：神户大学、上智大学、东京理科大学、横滨国立大学
【B】：青山学院大学、明治大学、法政大学、同志社大学、关西学院大学
【B-】：千叶大学、熊本大学、大阪市立大学、学习院大学、中央大学、立教大学、立命馆大学、关西大学
日本次一流大学
【C+】：金泽大学、长崎大学、首都大学、东京电气通信大学、东京艺术大学、御茶水女子大学、 大阪教育大学、京都工艺纤维大学、名古屋工业大学、日本大学、东京学艺大学
【C】：埼玉大学、新泻大学、静冈大学、东京农工大学、九州工业大学、横滨市立大学、大阪府立大学、北九州市立大学、京都教育大学、名古屋市立大学、东京海洋大学、国际教养大学、神户市外国语大学、兵库县立大学、爱知县立大学、香川大学、鹿儿岛大学、三重大学
【C-】：明治学院大学、专修大学、滋贺大学、信州大学、群马大学、茨城大学、京都府立大学、南山大学、成蹊大学
国内二流大学
【D】
地方公立文系大学等
专修大学、东洋大学、驹泽大学、国士馆大学、东海大学、龙谷大学、甲南大学、武藏大学、东京都市大学等
首都圈京阪神地区中日本地区各大中坚私立大学、专业性理工科大学等近50所大学
【E】
首都圈普通私立大学等近100所大学
【F】
近500所各式各样私立大学
