庆应义塾大学设有10个本科生院、14个研究生院。此外还有面向外国留学生开办的别科日语研修课程。
本科生院：文学部、经济学部、法学部(法律学科、政治学科)、商学部、医学部、理工学部、综合政策学部、环境情报学部、护理医疗学部、药学部。
研究生院：文学研究科、经济学研究科、法学研究科(法律、政治)、社会学研究科、商学研究科、医学研究科、理工学研究科、政策与媒体研究科、健康管理研究科、药学研究科、经营管理研究科、系统设计管理研究科、媒体设计研究科、法务研究科（法科大学院）。
别科日语研修课程：面向外国留学生开办的学习日语及进行日本研究的课程。原则上，其招生对象为四年制大学本科（学士课程）的在校生或毕业生。
庆应义塾大学在四月份举办入学典礼，开始授课。但部分本科生院和研究生院也可以在九月份入学或毕业。
校区简介
庆应义塾大学拥有六所主要校区，约有三万名本科生和研究生在各所校区内学习。
（1）三田校区（东京都港区）
文学部的二至四年级学生、经济学部、法学部、商学部的三、四年级学生、文学研究科、经济学研究科、法学研究科、社会学研究科、商学研究科、法务研究科（法科大学院）的研究生们在此学习。这里是最富有历史和传统气息的主校区。
（2）日吉校区（神奈川县横滨市）
文学部、医学部、药学部的一年级学生、经济学部、法学部、商学部和理工学部的一、二年级学生、经营管理研究科、系统设计管理研究科和媒体设计研究科的研究生们在此学习。 校区和市区融为一体，充满着开放感和青春活力。
（3）矢上校区（神奈川县横滨市）
矢上校区与日吉校区相邻，是理工学部的三、四年级学生以及理工学研究科的研究生们的学习场所。校区内绿树成荫，景色优美，拥有供理工学教育和研究使用的最新设施。
（4）信浓町校区（东京都新宿区）
医学部的二至六年级学生、护理医疗学部的三年级学生和医学研究科的研究生们在此学习。信浓町校区和大学医院合为一体，以医院为中心布置的校舍体现了重视临床医学的方针。
（5）湘南藤泽校区（神奈川县藤泽市）
综合政策学部、环境情报学部的一至四年级学生，护理医疗学部的一、二、四年级学生，政策与媒体研究科、健康管理研究科的学生们在此学习。该校区作为基于顺应时代变化的全新概念而建设的教育研究基地，开办于1990年，占地面积达33万平方米，是一所将高新科技和大自然和谐地融为一体的未来型校区。
（6）芝共立校区（东京都港区）
药学部药学科二至六年级、药科学科二至四年级以及药学研究科的学生们在此学习。该校区虽然位于市中心，但与芝公园接壤，是一所环抱于绿色葱翠之中的宁静的校园。
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