东京大学由于校区的不同，教育内容和研究内容也不同。根据教育内容来看，主要分为实彪“教养”课程的目黑区驹场校区、实施专业教育的文京区本乡校区、只进行研究生教育的千叶县柏校区。东京大学医科学研究所则位于港区白金台。根据研究内容，则有研究传统学术领域的本乡校区、进行跨学科研究的驹场校区、进行新学术领域研究的柏校区。这种校区分立体制，对于往往根据院系区分校区的其他大学是较少见的；这种在入学初期设立教养课程的大学在日本国内也并不多。
东京大学仍是采取学院制的大学，各校区实际可以称为驹场学院、本乡学院和柏学院。每个学院的自主权大，授课时间都不一样。但另一方面，学生在选择选修课的时候，有着较大的自由权力，所有学院的课程都可以选修。
东京大学的所有专业、研究生专业和研究所的老师都参加授课。在文部科学省主办的每个大学只能应征一项的 “特包大学支援项目”中，东京大学以 “推进教养教育与研究生院尖端研究的创造性合作”项目应征，可以看出东京大学极为重视教养教育。
教养教育分前期课程和后期课程，基本包括了文科和理科的各种专业。前期课程涵盖各国语言、法律和政治、经济学、历史学、文化人类学、物理、化学、生物、数学等等。后期课程则在前期课程基础上加以细化。教养课程可以说基本上是一种综合素质教育。
日本高校的硕士、博士教学也普遍采用导师负责制。但在东京大学，每个院系，甚至每个老师都可以决定自己研究室的组织结构。比如，在某文科研究生院中，研究文化史的老师对“师傅带徒弟”的模式看重，而研究互联网文化的导师却采用开放式论坛，每一个研究室的气氛都是别具一格的。
东京大学学校、院系的每一个举措，都是在充分考虑了自身专业特点的前提下实施的，甚至就连自己的上课时间都和别的院系不一样。无论遇到任何问题，都可以直接寻找自己的导师或留学生支援中心解决，绝不会遇到“踢皮球”之类的现象。
而且，从提供教育服务的观点出发，东京大学在校园内设立了餐馆、便利店等。本乡校区修建了星巴克、赛百味、Lawson等店铺。医学部研究楼还修建了意大利餐馆。为了加强信息的发布，还设立了由学生管理的网站。
走进东京大学校内的超市，会发现这里有着和普通超市完全不同的货架排列：笔记本电脑和各种专业仪器就像一盒盒饼干一样整齐码放在一起，文具柜的旁边还挂着一排一般超市较少见的白大褂。
此外，在东京大学的主校区里，食堂和快餐店多达21家，无论身处校园哪个角落，都能较快找到吃饭的地方。
和日本较多大学一样，东京大学的后勤是交给“东京大学消费生活协同组合”（简称“生协”）的企业组织经营的。校方对“生协”的要求是：既不许赔钱，也不许赚钱。在这样的经营理念下，学校的后勤将最主要的精力都放在降低成本、提供更多便利措施等方面。如今，东京大学内部的衣食住行都便利，学生可以放心将自己的主要精力放在课业和专业研究上。
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