该校前身为由香港、澳门、东南亚等地的知名人士资助开办，1981年3月28日成立的私立东亚大学。2009年12月20日，澳门大学新校区在横琴岛开工建设。2013年11月5日，投资逾百亿的澳门大学新校区已经正式启用。2015年9月22日上海交通大学世界一流大学研究中心发布的中国•两岸四地大学排名中，在中国两岸四地高校中列第49位，澳门地区第2位。根据《泰晤士高等教育》公布2014/15年度世界大学排名榜，澳门大学晋身世界大学前三百名，位列二百七十六至三百名之间，与上海交通大学并列。
2015年公布的「全球创校50年内最佳100所大学排行榜」中，澳门大学跻身第三十九名，在亚洲地区位列第7名。 2015年《泰晤士高等教育》亚洲大学排行榜中，澳门大学名列亚洲地区第40名，位于上海交通大学、中山大学之间。根据《泰晤士高等教育》公布2015/16年度世界大学排名榜，澳门大学位列世界大学401-500名，与武汉大学并列。根据QS公布的2015年世界大学排名，澳门大学位列世界大学651-700名间，亚洲大学161-170名间，均较2014年上升40-50位。
澳门大学图书馆于2014年7月迁入澳门大学，为澳门最大规模的图书馆，馆藏超过500多万册(件)，其中纸本图书约53万册、期刊6000种、古籍24000册、视听资料12000种、书画文物近千种、档案特藏3000种、缩影资料7000卷。图书馆电子资源包括电子资料库285个、电子图书约50万册、电子论文约400万篇、电子报纸4000种及电子期刊超过10万种。
该校多个专业领域在东亚地区都是排在前列的，撇开领军的葡萄牙语、中医药、微电子、博彩管理等专业不谈，澳大的会计专业本科毕业的学生ACCA考试可以免考9门，ACCA给出的最多豁免门数也就是9门，在这个方面是和香港的一流大学是同等待遇的，而内地会计专业排名第一的厦门大学的会计硕士也只能免考9门。澳门大学微电子已经跻身世界前十。
澳门大学中文系是与北京大学中文系共建的，与香港大学中文学院、台湾大学中文系亦有交流项目，专业师资雄厚，生源优秀。校园人文气氛浓厚，学术环境自由开放，使澳门大学在粤语文化区内有”小北大”的称号。
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