1559年，约翰·加尔文建立日内瓦学院，主要教授修辞学、辩证法、希伯来语和古典希腊语，在欧洲宗教改革期间获得广泛声誉。经过启蒙时代，学科领域逐渐扩展，1873年建立医学系，并正式更名为大学。此外日内瓦大学还设有日内瓦高级翻译学院（ETI）和日内瓦高级国际关系学院。
院系设置
截止2007年，日内瓦大学主体由7个系，1个学院和1个研究所组成：
- 科学系（la faculté es sciences）
- 医学系（la faculté e méecine）
- 文学系（la faculté es lettres）
- 经济与社会科学系（la faculté es sciences économiques et sociales）
- 法学系（la faculté e roit）
- 神学系（la faculté e théologie）
- 心理学和教育学系（la faculté e psychologie et es sciences e l'éucation）
- 翻译学院（École e trauction et 'interprétation）
- 建筑学研究所（Institut 'architecture）
科研中心
日内瓦大学的从属学院还包括八个系属学校和跨系别研究中心：
- 法语文化及语言学校（École e langue et e civilisation françaises）（文学系下属）
- 体育教育学校（École 'éucation physique et e sport）（医学系下属）
- 大学信息中心（Centre universitaire informatique）
- 大学人口生态学及环境科学中心（Centre universitaire 'écologie humaine et es sciences e l'environnement）
- 大学能源问题研究中心（Centre universitaire 'étue es problèmes e l'énergie）
- 老年问题中心（Centre interfacultaire e gérontologie）
- 宗教改革史研究所（Institut 'histoire e la réformation）
- 日内瓦大学欧洲中心（Institut européen e l'université e Genève）
