从十九世纪初起，慕尼黑大学逐步形成了民主管理的制度。几经变迁，当前的机构设置及其职能如下：
评议大会
这是大学议事决策的权力机构，其成员由民主选举产生。在一届的与会代表中，教授代表为36人，其他学术人员代表为12人，学生代表为12人，非学术人员代表为6人。校长等校务领导委员会的5名成员也是评议大会的成员。评议大会的成员每两年选举一次，其中学生代表每一年选举一次。
评议大会的职能主要有：
制订和修改大学的法规和章程；
选举产生大学校长和副校长，组成校务领导委员会；
听取校务领导委员会的工作报告。
各种人员在评议大会评议会中的比例，是根据巴伐利亚州《高等教育法》中规定的比例而设置的，教授多于其它人员的总和。即所谓“教授治校”。另一方面，让学生参加学校的管理，学生的比例和其他学术人员相同，多于非学术人员大学的机构设置、课程安排、活动组织都倾听学生的意见--这是“学生本位”制的体现。
委员会
慕尼黑大学设校长1人，副校长3人，均由评议大会选举，校务领导委员会办公室主任1人，由校长任命，5人共同组成学校行政领导机构。
校长的职能是领导校务委员会的工作，同时统筹、协调全校各个学院的教学科研工作。几百年来，当选的校长一般都是德高望重的教授。学校校长不是纯行政职务，只是“兼职”，任职期间仍不放弃教学和科研，从职位上“退休”后，还回到学院或研究所去继续从事他的本行。
学院组织
学院的议事机构为“学科会议”，成员比例为：教授7人，其他学术人员2人，学生2人，非学术人员1人。
学科会议由本学院学科代表大会选举产生，该会议同时选举院长和副院长。
学院院长的基本任务是：
统筹、协调各研究所要完成的本年度学术研究和人才培养任务。
将各学科的先进经验集中推广，提高教学科研质量。
组织各个学科的各级考试。
搞好教师、科研人员的专业进修，造拨优秀人才充实教学科研队伍。
福利会
这是一个负责对所有慕尼黑大学学生的福利进行筹划和安排的机构。如维修建筑、管理宿舍和食堂、发放补助金等等。这是一个独立的社团，其成员努力使他们的工作尽量不受学校行政部门的干扰。该机构初创于1918年。两次世界大战都给德国带来了巨大的损失，不少学生是依靠福利会提供的低价膳食、服装以及勤工俭学的机会才渡过难关的，由此，这一机构成为其他学校效仿的榜样。直到如今，很多学生（三分之一左右）仍有赖于该机构提供的工作机会才能修完德国大学漫长的学业。
